Пожертвования грузинского атабага Кайхосро (1498–1500 гг.) привёз в монастырь Иоанна Предтечи его воспитанник Амвросий (впоследствии архиепископ Самцхе-Саатабаго). В 1518 г. в связи с завоеванием Египта султаном Селимом I братия монастыря Иоанна Предтечи направила посольство в Суэц, где получила от «судьи Красного моря» Али копию грамоты (ахтинаме) пророка Мухаммада монастырю великомученицы Екатерины на Синае (624 г.), в которой гарантировались ряд прав и привилегий, в частности, неприкосновенность церковных имений и освобождение от налогов. В 1560 г. монастырь Иоанна Предтечи не смог вернуть взятые в долг деньги. По призыву Серрского митрополита Даниила горожане собрали средства в помощь монастырю. В 1571 г. монастырь Иоанна Предтечи был опустошён турками. В 1597 г. с западной стороны была сооружена ограда. В 1642 г. проигумен Григорий провёл водопровод и устроил два фонтана. По его заказу была написана большая храмовая икона св. Иоанна Предтечи для местного ряда иконостаса (1655 г.). В 1645 г. на пожертвования верующих были воздвигнуты новые монастырские стены. В 1648 г. Галактион, бывший митрополит Серрский и Нафпактский, привёз в Москву грамоту, согласно которой игумен Парфений и братия монастыря Иоанна Предтечи просили у царя Алексея Михайловича милостыню и дарили частицу Честного Животворящего Креста Господня. Об оказании монастырю Иоанна Предтечи помощи ходатайствовал бывший Константинопольский патриарх Афанасий III Пателларий, т.к., по его словам, эта обитель «погибает до основания и хощет разоритися от турских воинских людей». Около 1650 г. четыре почётных горожанина Серр приняли решение об оказании материальной поддержки монастырю, что, однако, не спасло его от экономического упадка. В свите приехавшего в Москву в 1662 г. Газского митрополита Паисия Лигарида находился архимандрит Леонтий с грамотой из монастыря Иоанна Предтечи, в которой сообщалось, что, после того как около обители были убиты «неции нечестивыи», турки сначала хотели предать монахов смерти, но затем согласились на выплату компенсации и забрали всё монастырское имущество. B XVIII в. монастырь Иоанна Предтечи лишился большинства своих владений. В 1729 г. он был временно оставлен монахами. После возобновления обители насельники следовали особножительному уставу. В 1799 и 1800 гг. были покрыты свинцом купола кафоликона, сделаны пристройки к резиденции игумена. В 1819 г. в монастыре проводились реставрационные работы на средства жителей Серр Хадзи-Константина и Хадзи-Сильвестра. В 1820 г. монастырь Иоанна Предтечи сильно пострадал от пожара. В 1824 г. игумен монастыря Дамаскин (Копацианос), обвинённый турками в содействии Греческой национально-освободительной революции (1821–1829 гг.), был сослан в Константинополь и заточён в тюрьму, два монаха убиты и три арестованы. Монастырь Иоанна Предтечи поддерживал тесные связи с руководителем восстания в Македонии Эммануилом Папасом. В 1825 г. в монастыре открылась греческая школа. В 1851 г. в южной части монастыря на средства иеродиакона Феофила из Наусы было построено здание с балконом, в котором располагались три кельи и кухни.