Последние годы жизни здесь провёл архимандрит Гавриил (Кундиадис), написавший «Краткий исторический обзор монастыря св. Иоанна Предтечи близ Серр от основания до наших времён: 1270–1956». В 1854 г. в центре монастырского двора была сооружена водосвятная купель (фиал). В 1858–1868 гг. были восстановлены кельи в северной части монастыря, сгоревшие в 1820 г. В 1862–1863 гг. монахи монастыря Иоанна Предтечи провели сбор пожертвований в России. В 1870–1883 гг. монастырь Иоанна Предтечи содержал семинарию в Серрах. В 1875 г. на средства иеромонаха Харалампия из Серр отремонтировали помещения больницы. В 1876 г. отреставрировали башню (1304 г.), в которой разместили библиотеку. Игумен Христофор (1892–1904 гг., ум. в 1916 г.) насадил оливковые рощи, на собственные средства соорудил маслобойню и сдал внаём десять построенных им домов в Серрах, с тем чтобы деньги за аренду поступали в монастырь. Он написал историю монастыря Иоанна Предтечи – «Проскинитарион», изданную в Лейпциге в 1904 г. Летом 1900 г. монастырь посетила экспедиция Российской Императорской Академии Наук во главе с академиком Никодимом Павловичем Кондаковым. Описание месторасположения обители, названной «монастырём Иоанна Предтечи на Мениклейской горе», история архитектурного ансамбля, монастырских святынь, впоследствии большей частью утраченных, и т.д. вошли в книгу Н.П. Кондакова «Македония: Археологическое путешествие» (1909 г.). В экспедиционном фотоальбоме сохранились фотографии монастыря Иоанна Предтечи и братии, насчитывавшей тогда около 20 человек, во главе с игуменом Христофором. В мае-июне 1913 г., во время первой оккупации болгарской армией Серр, в городе были сожжены многие здания, в том числе и принадлежавшие монастырю Иоанна Предтечи 37 домов, две гостиницы и девять мастерских. С монастырских пастбищ болгары угнали 1,2 тыс. овец и коз, а также 120 волов и коров. 6 августа 1916 г. болгарская армия снова заняла Серры. 27–28 июня 1917 г. 19 иноков были выселены из монастыря. Пять суток их держали в серрской тюрьме. Большинство из них были высланы в Болгарию, некоторые – сначала в Драму, а спустя два месяца – в Болгарию. Они смогли возвратиться в монастырь Иоанна Предтечи только в октябре 1918 г. Монастырь был разграблен: в Болгарию были увезены церковная утварь, 313 рукописей, документы и другие ценности (в том числе четыре императорских хрисовула, пять патриарших сигиллиев, четыре кодики, включая картулярии А и В). Были сняты серебряные оклады с храмового образа св. Иоанна Предтечи, с находящейся в нартексе иконы Божьей Матери и др. Согласно статьям 125 и 126 мирного договора в Нёйи (1919 г.), Болгария была обязана вернуть Греции вывезенные культурные ценности. Однако были возвращены лишь часть предметов церковной утвари и рукописей (236 манускриптов переданы в Национальную библиотеку в Афинах, пять – в Византийский музей в Афинах), 20 пергаменных и 46 бумажных рукописей в настоящее время находятся в Центре славяно-византийских исследований имени Ивана Дуйчева (София). Возвращённые печатные книги, главным образом, хранятся в Национальной библиотеке в Афинах, в Византийском музее в Афинах и в Публичной библиотеке в Сересе.