Пещерный парекклисион Преображения Господня (XV в.) расположен на отвесном западном склоне горы Меникио. К северу от монастыря, в оливковой роще, в XVI в. был построен парекклисион св. Таксиархов, отремонтированный и расписанный в 1763 г. (сохранилась также более ранняя фреска, датируемая 1637 г.). В 1622 г. к северо-западу от монастыря Иоанна Предтечи, рядом с горным потоком, текущим по ущелью, был сооружён парекклисион преподобномученицы Параскевы с источником св. воды. В 1776 г. к западу от монастыря был воздвигнут парекклисион св. бессребреников Космы и Дамиана. К югу от монастыря Иоанна Предтечи находится парекклисион в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник». Библиотека насчитывала 313 рукописей (около сотни на пергамене и около 200 на бумаге) и 1,5 тыс. печатных книг. В Средние века в монастыре Иоанна Предтечи действовал скрипторий. Монастырские акты находились в составе двух картуляриев XIV в. (изданы A. Гийу по копиям XIX в.). Картулярий А, содержащий древнейшие акты (копии 14 хрисовулов, простагм, сигиллиев, Типикона монастыря Иоанна Предтечи и др.), хранится в библиотеке Пражского университета. Картулярий В, включающий документы с 1279 по 1800 г., – в Центре славяно-византийских исследований имени Ивана Дуйчева в Софии. Там же хранится большая часть рукописного собрания монастыря Иоанна Предтечи, в том числе Апостол-апракос и Апокалипсис (вторая половина Х в.), Толковое Евангелие (XI в.), 16 Слов Григория Богослова (вторая половина XI в.), Номоканон (конец XII – начало XIII вв.). В монастыре Иоанна Предтечи хранятся серебряные ковчеги, изготовленные в 1846 и 1903 гг. Первый из них содержит частицу Честного Креста Господня, кровь и землю с места усекновения главы св. Иоанна Предтечи, частицы мощей Иоанна Златоуста, священномученика Харалампия и великомученика Иакова Персянина, второй – главу преподобного Иоанна-ктитора. В Музее Бенаки (Афины) находится происходящий из монастыря Иоанна Предтечи серебряный с позолотой и эмалью артофорий в форме храма (1613 г.). В 2009 г. в монастырь Иоанна Предтечи была возвращена икона «Снятие с креста», украденная из монастыря в 1978 г. и обнаруженная в 2002 г.