По преданию, сохранённому монахинями суздальского в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастыря, Иларион предрёк Прасковье Фёдоровне, что её дочь Анна станет правительницей («Суздальский Свято-Покровский женский монастырь». М., 2002 г.). По сообщению «Повести о блаженной жизни преосвященнаго Илариона...», Иларион получал пожертвования от царей Петра I и Ивана V Алексеевичей, цариц Наталии Кирилловны, Марфы Матвеевны, царевен. Суздальский митрополит присутствовал на Земском соборе 12 января 1682 г. по отмене местничества. Во время стрелецкого восстания 1682 г. находился в Москве. 25 сентября патриарх Иоаким, выступивший посредником между стрельцами и правительством, отправил Илариона в Троице-Сергиев монастырь, где в то время находилась царская семья, с ходатайством о стрельцах. Посредничество Суздальского митрополита предотвратило кровопролитие. Иларион участвовал в хиротониях иерархов Русской церкви: Воронежского епископа св. Митрофана (2 апреля 1682 г.), Киевских митрополитов Гедеона (Святополк-Четвертинского; 8 ноября 1685 г.) и Варлаама (Ясинского; 31 августа 1690 г.). Иларион был одним из советников патриарха Адриана в решении вопроса о епископской хиротонии Дионисия (Жабокрицкого), для которой имелись канонические препятствия. Несмотря на просьбы митрополита Варлаама (Ясинского) и гетмана Ивана Степановича Мазепы, 6 ноября 1695 г. патриарх Адриан хиротонию не благословил. 24 июля 1691 г. патриарх Адриан вместе с Иларионом освятил Троицкий собор в Троице-Сергиевом монастыре. Как епархиальный архиерей Иларион много внимания уделял церковному благочинию и поддержанию должного нравственного уровня духовенства. За богослужениями в кафедральном Рождественском соборе всегда проповедовал («изо уст толковаше Священное Писание»). Иларион повелел переписать всех нуждающихся в Суздале и определил им милостыню из своих доходов, трапезу со святителем всегда делили «неколико нищих и убогих». Будучи архиереем, он сохранил молитвенное правило Флорищевой пустыни. Свободное от молитвы и дел управления время посвящал чтению Священного Писания и душеполезных книг; если был утомлён и не мог читать сам, ему читали вслух. Особое внимание Иларион уделял строительству и украшению храмов. В 1684–1690 гг. подвергся перестройке древний собор Рождества Пресвятой Богородицы в Суздале: были разобраны хоры и растёсаны окна, надгробия (собор служил усыпальницей князей Шуйских, Бельских и Скопиных) переместили к стенам и в углы. Архиерей украсил собор «святыми чудесными иконами, и новоисправными книгами, и освящёнными сосуды, и ризами драгоценными, и иконостасом позлащённым, яко прекрасную невесту». Исследователям известно о богато украшенном Евангелии, вложенном Иларионом в собор, и о нескольких вкладах церковной утварью. Одновременно был перестроен Суздальский архиерейский дом, в помещениях которого на стенах помимо икон и парсун висели ландкарты. В Рождественском соборе и в соборе Покровского монастыря были установлены иконостасы, выполненные местными мастерами с привлечением в первом случае художника Оружейной палаты Ивана Рефусицкого, а во втором – ученика Симона Ушакова Георгия Терентьевича Зиновьева. Исследователи полагают, что по заказу Илариона мастера Оружейной палаты создали местный ряд иконостаса в Спасском соборе Спасо-Евфимиева монастыря.