По мнению Николая Фёдоровича Каптерева, благодаря священнику Анании Никон завязал знакомство с Иваном Нероновым, Аввакумом Петровым и Коломенским епископом Палом. Из Жития Ивана Неронова исследователям известно, что он некоторое время жил в Лыскове у священника Анании; по мнению Натальи Владимировны Понырко, это могло быть в первой половине 1620 гг. Исследователи полагают, что священник Анания перебрался из Лыскова в Нижний Новгород вслед за Иваном Нероновым, который уехал туда во второй половине 1620 гг. Из Нижнего Новгорода отец Илариона вскоре после рождения младшего сына переехал с семьёй в село Кириково (ныне посёлок в Лысковском районе Нижегородской области), расположенное также неподалёку от Макариева Желтоводского монастыря. Когда Ивану было четыре года, его мать умерла. Спустя некоторое время священик Анания вместе с Иваном поселился в Преображенской пустыни на реке Малой Юнге (с 1620 г. приписана к Макариеву Унженскому во имя Святой троицы монастырю) и вскоре принял там постриг с именем Антоний. По свидетельству Жития Илариона, отец и сын посещали окрестные обители ради встреч с ревностными иноками, у которых они научались подвижнической жизни. В «Повести о блаженной жизни преосвященнаго Илариона...» сообщается, что после кончины 15 апреля 1652 г. патриарха Московского и всея Руси Иосифа иеромонах Антоний был одним из кандидатов на Патриарший престол, но по смирению отказался от этой чести, уступив место Никону. Из Москвы иеромонах Антоний отправился в свой монастырь, но, остановившись в Кирикове у родных, умер. К началу XX в. в ограде Успенской церкви в Кирикове, построенной на средства Илариона в 1692 г., стояла часовня над могилой иеромонаха Антония. Иван, живший в Кирикове, по мнению исследователей, в конце 1640 гг. по настоянию родственников женился на Ксении, дочери священника из Лыскова, сестре Коломенского епископа Павла. По взаимному согласию супруги жили, воздерживаясь от плотских отношений. Через полтора года Ксения умерла, и Иван переехал в Москву к старшему брату священнику Петру, который незадолго до того был переведён в Казанский собор на Красной площади (исследователи полагают, что переход Петра был связан с тем, что знакомый ему по Лыскову Иван Неронов в 1645 г. был назначен протопопом Казанского собора). Родственники настойчиво уговаривали Ивана вновь жениться, что противоречило его склонности к молитве и аскетическим подвигам. Иван находился в нерешительности относительно своей судьбы, когда у него началась болезнь глаз. Юноша понял, что это было наказание за отступление от обещанного им Богу подвига девства. Вместе с попутчиком Иван добрался до Троице-Сергиева монастыря, где перед ракой преподобного Сергия молился о возвращении ему зрения, о возможности принять иноческий постриг и поселиться во Флорищевой пустыни, где ему доводилось бывать прежде. Чудесным образом юноша исцелился и был удостоен видения преподобного Сергия, обещавшего ему помощь в иноческих трудах во Флорищевой пустыни. Из Москвы Иван переехал в Коломну, где епископ Павел 11 декабря 1652 г. постриг его в монашество с именем Иларион. 12 марта следующего года епископ рукоположил Илариона во диакона и назначил ризничим архиерейского дома.