Эта комиссия рассматривалась как орган, контролирующий католическую науку. При папе Пие X задачу комиссии определили по-новому: она должна была формулировать точку зрения католической церкви на различные вопросы, касающиеся Библии. В 1905–1915 гг. комиссия выпустила 14 декретов (Responsa). Ответы давались преимущественно на вопросы исагогики (об авторе, о времени написания, достоверности и каноничности той или иной книги), критические методы поддерживались, когда их результаты подтверждали традиционную точку зрения. Так, подтверждалось традиционное авторство Книги пророка Исаии и канонических Евангелий, «Деяний святых апостолов», пастырских Посланий и Послания к Евреям; разрешалось проводить дискуссии о синоптической проблеме, но получившая в это время распространение теория двух источников не принималась. В 1909 г. папа Пий X учредил Папский библейский институт, в котором, согласно инструкции папы, изучались библейские исагогика, археология, история, география и филология. Новые условия для развития католической библеистики были созданы с выходом 30 сентября 1943 г. обширного окружного послания папы Пия XII «Divino afflante Spiritu», в котором говорилось о содействии библейским исследованиям, соответствующим требованиям времени. Пий XII отмечал, что при изучении Священного Писания необходимо учитывать новые открытия на Святой земле, особенно находки письменных документов, а также использовать элементы историко-критического метода: филологическую и текстовую критику, изучение оригинального текста, литературную критику и вспомогательные исторические дисциплины. Католическая библеистика тем самым освобождалась от давления антиреформаторских тенденций. Новая ситуация, вызванная окружным посланием Пия XII, была подтверждена инструкцией Папской библейской комиссии «De historica Evangeliorum veritate» (21 апреля 1964 г.), где официально объявлялись принципиально разрешёнными современные критические методы библейских исследований Евангелий (метод сравнительного анализа, метод истории форм и истории редакций). Открытая для Римско-католической церкви возможность исторической критики для исагогики Нового Завета была впервые использована Альфредом Викенхаузером, автором вышедшего в 1953 г. «Введения в Новый Завет» (переиздания после 1973 г. переработаны Й. Шмидом), в котором относительно подробно рассматривается история текста Нового Завета. Новая ситуация, вызванная «освободительной» энцикликой Пия XII, привела также к необходимости дать официальную оценку декретам Библейской комиссии, которые появились с 1905 г., в связи со вторым изданием «Enchiridion Biblicum» в 1955 г. Было отмечено, что более ранние декреты следует понимать, исходя из обстоятельств того времени, когда они издавались; они требовали оградить Священное Писание от крайностей рационалистической критики.