Душа, по учению Иоанна Пекама, не связана с каким-то определённым местом в теле, но вся пребывает во всём теле и в какой угодно его части. Отмечая, что соединённая с телом душа осуществляет разнородную деятельность, Иоанн Пекам вместе с тем считал ошибочным представление, что в человеке могут существовать две (или более) души. Таким образом, множественность форм для него, по мнению исследователей, не тождественна множественности душ: «В человеке есть одна душа, вполне оживотворяющая его, состоящая (composita) из тройной субстанции и жизни (triplici substantia et vita), а именно: растительной, чувствующей и разумной». Из приведённых слов Иоанна Пекама исследователи делают вывод, что использовавшаяся им при попытках объяснить совместимость учения о единой душе с концепцией множественности форм терминология довольно несовершенна и туманна: одновременно постулируется существование души как единой субстанции и трёх субстанций в ней. Более ясно мысль Иоанна Пекама изложена в «Трактате о душе», где он, приводя это мнение, называет «более согласным со словами учителей и теологов» иное мнение, а именно, что в душе существуют не три субстанции, но три потенции. Эти потенции Иоанн Пекам интерпретировал как различные формы, сосуществующие в человеке и отвечающие за присущие ему различные роды деятельности. Они отличаются друг от друга не как разные независимые сущности, но «виртуально», т.е., будучи связаны с единой душой, обеспечивают различную её активность. В соответствии с предложенным Иоанном Пекамом определением сила, или потенция, души есть «принцип, существующий для порождения акта, но способный существовать и без акта»; «инструмент и виртуальная часть» души. Каждая из трёх потенций души подразделяется, в свою очередь, на составные части, или особые «силы» (vires). Для низшей растительной потенции такими частями являются питательная, взращивающая и породительная силы, в учении о которых Иоанн Пекам следовал Авиценне, Альберту Великому и Бонавентуре. В учении о силах чувствующей потенции Иоанн Пекам также использовал концепцию Авиценны, подразделяя её на пять внешних телесных чувств, общее чувство, силу представления (vis cogtativa) и чувственную память. «Сила представления», согласно Иоанну Пекаму, является силой, отвечающей за чувственную стадию познания, и в свою очередь, содержит три особые силы: воспринимающую, оценивающую и воображающую. Высшая разумная сила души, по учению Иоанна Пекама, подразделяется на две силы: воспринимающую (apprehensiva) и движущую (motiva), или на разум (ratio, intellectus) и волю (voluntas). Разум может, в свою очередь, подразделяться на различные способности; при этом наиболее важным и обсуждаемым делением у него является деление на активный разум (intellectus agens) и пассивный разум (intellectus possibilis). Иоанн Пекам подразделял активный разум на «разум отделённый» от человека и «разум соединённый» с ним. Отделённый активный разум – это божественный свет, который должен изливаться в человеческий разум и просвещать его при любом акте познания. Соединённый активный разум – это деятельная сила разумной души, благодаря которой душа «сообразуется со всем уразумеваемым». Пассивный разум – это способность души воспринимать и сохранять «уразумеваемые виды» вещей как «снизу», т.е. от чувств, так и «сверху», т.е. от Бога как отделённого активного разума.