В философской дискуссии между Иоанном Пекамом и Фомой Аквинским затрагивалось также учение о так называемой первой материи. Согласно Фоме Аквинскому, довольно точно следовавшему Аристотелю, первая материя не может существовать без формы, она есть чистая потенциальность и не обладает независимым актуальным существованием. Иоанн Пекам, соглашаясь с тем, что первая материя есть потенциальность, отмечает, что потенциальной она является по отношению к последующим многообразным оформлениям, однако сама также существует реально. Реальное существование первой материи Иоанн Пекам интерпретировал как проявление творческой силы Бога, Который «может дать неоформленной материи её собственное существование». Таким образом, материя существует сама по себе, содержа в себе множество потенциальностей, которые реализуются вследствие воздействия на неё форм. Метафизический процесс оформления материи Иоанн Пекам описывает в «Сумме о сущем и сущности». По мысли Иоанна Пекама, который опирался на учение Боэция, соединение первой материи с первой формой производит наиболее общий род (genus generalissimum) – «субстанцию». В свою очередь, этот род соединяется с духовной формой и телесной формой, в результате чего образуются духовные субстанции (отделённые интеллигенции, т.е. ангелы и разумная душа) и телесные субстанции (небесные тела и другие физические объекты). Иоанн Пекам особо отмечал, что учение об ангелах как о простых чистых формах неверно; как и все прочие вещи, они состоят из материи и формы. Телесные субстанции дальше подразделяются благодаря восприятию третьей формы, наделяющей их качествами активности или пассивности. Небесные тела, оформленные наиболее совершенной формой, являются неразрушимыми и неспособными к дальнейшим изменениям. Напротив, вещи этого мира подвержены непрерывному внешнему воздействию, изменению, а также уничтожению. Они могут оформляться разными низшими формами и в соответствии с этим подразделяются на роды и виды. Однако Иоанн Пекам полагал, что сама способность всякой вещи быть оформленной так или иначе зависит не только от низших форм, но заложена в первой материи (как потенция) и в первой форме (как актуализация потенции). Формы реализуют потенции, заложенные в материи, поэтому, например, хотя человек и животное принадлежат к одному роду, они возникают не из однородной материи, но из потенциально различной материи. Ключевое отличие взглядов Иоанна Пекама и его единомышленников, учивших о сосуществовании многих форм, от взглядов Фомы Аквинского и других сторонников концепции единства формы состояло в том, что последние полагали, будто при принятии некой иной формы прежняя форма исчезает, тогда как первые думали, что формы образуют своеобразную иерархию и могут совместно существовать в одной вещи. В соответствии с этим Иоанн Пекам утверждал, что после смерти тело, лишаясь оформляющей его души, сохраняет «форму телесности», которая является принципом индивидуации для тела. Вследствие этого, даже если человеческое тело разлагается на составные элементы и превращается в прах, этот прах остаётся прахом конкретного индивида, так что, согласно Иоанну Пекаму, «всегда истинным будет высказывание: эта материя или эта субстанция была в теле некоего человека».