Вторым способом, т.е. с помощью творений, познаются свойства Бога – «единый, истинный, благой»; третьим способом, из откровения, познаются Троичность Бога и Его отношение к творению. Таким образом, по выражению Иоанна Пекама, познание Бога «начинается природой, продолжается доказательством, утверждается верой». В «вопросах» по первой книге «Сентенций» Иоанн Пекам предлагает несколько рациональных аргументов в пользу существования Бога (см. Доказательства бытия Божия). Первые три аргумента он заимствовал у Августина Блаженного: это аргументы о Боге как первой Истине, дающей истинность всему прочему, и как о Свете, в котором всё познаётся. Следующие два аргумента (о Боге как высшем Благе и наибольшем из мыслимого) Иоанн Пекам взял у Ансельма Кентерберийского. Иоанн Пекам также приводил аргумент Рихарда Сен-Викторского о Боге как вечном и самосущем первоначале и довод Аристотеля о Боге как первом неподвижном двигателе. Развивая философско-теологическое учение о Боге в других «вопросах» по первой книге «Сентенций», Иоанн Пекам соглашался с основополагающим августиновским тезисом о Божественной простоте. Из простоты Бога следует, что Его сущность тождественна существованию и связанным с существованием свойствам и актам. Рассматривая специально вопрос о том, могут ли свойства Божьи быть различными по бытию и соответствовать разным «сущестям» (entitates) в Боге, Иоанн Пекам отвечал на него: «Невозможно сущностно (essentialiter) разделять Божественные свойства, поскольку они не получают бытие одно от другого», т.е. существуют все одновременно и не могут быть отделены от сущности Бога. Таким образом, согласно Иоанну Пекаму, все свойства Божьи различаются лишь в человеческом восприятии, но едины в своём бытии. С вопросом о Божественной простоте тесно связана проблема объяснения различия и самостоятельного существования трёх Ипостасей (Лиц) Единого Бога. Предложенное Иоанном Пекамом решение этой проблемы исследователи считают одним из важнейших источников учения Иоанна Дунса Скота о формальном различии. Иоанн Пекам придерживался традиционного для его времени учения о том, что Божественные Лица существуют благодаря Их взаимным отношениям (ex sola relatione). Эти отношения суть различные «свойства бытийствования» (proprietates essendi), соотносящиеся с единой Божественной сущностью и потому не отличающиеся от неё реально. Однако если рассматривать не отношение Лиц к сущности, а их взаимное соотношение, то в этом случае будет иметь место «различие, основывающееся в самой вещи» (differentia a parte rei). Таким образом, если Лицо сравнивается с Божественной сущностью или с другим Лицом не в смысле «бытийствования», но «в собственных чтойности и понятии», то здесь имеет место не просто логическое различие, но особое «рациональное различение», которое не означает существования отдельных вещей, но указывает на то, что основание для различения существует в самой природе того, в отношении чего проводится различение. Хотя по смыслу эти представления близки к последующим идеям Иоанна Дунса Скота, используемую Иоанном Пекамом при объяснении терминологию исследователи считают двусмысленной и во многом противоречивой.