Универсалии, по Иоанну Пекаму, суть «вещи (res), а не только понятия (rationes)». Универсальное существует в частных вещах (in particulari) как «всё в целом универсальное в субъектной части». В соответствии с рассуждениями Иоанна Пекама это означает, что универсальное не делится между индивидами, но всякий индивид содержит в себе всё в целом универсальное, как бы «умножаемое» без деления в соответствии с числом причастных ему индивидов. Таким образом, хотя Иоанн Пекам был знаком с различением, проведённым Авиценной, между «логическим родом» и «природным родом», т.е. между универсальным и общим, он не был готов принять это деление и предпочитал занимать более близкую к платоническому реализму позицию, в соответствии с которой индивидуальное «причастно» независимо существующему универсальному. Разрабатывавшееся Иоанном Пекамом учение о душе является показательным примером соединения платонических, аристотелианских и неоплатонических мотивов в философских концепциях схоластов XIII в. Давая определение души, Иоанн Пекам исходил из платоновского представления о душе как самостоятельно существующей нематериальной сущности. По его мнению, душа может пониматься двояко: «либо как дух, либо как форма тела». Будучи духом, душа не есть некое тело (corpus), она также не тождественна «телесной форме» (forma corporalis), благодаря которой индивидуализируется тело. Хотя душа является формой тела, она полностью независима от тела в своём существовании: Иоанн Пекам неоднократно называет душу «отдельным сущим» и самостоятельной «вещью». Между душой и телом существует непреодолимое различие; душа может действовать независимо от тела (например, при мышлении); более того, у Иоанна Пекама встречаются платонические по духу высказывания о том, что тело «отягощает» душу, «оскверняет» и «обессиливает» её. Однако вместе с тем душа стремится к единству с телом, она желает делать его более совершенным; будучи отделена от него, она стремится вновь соединиться с ним, поскольку лишь вместе с телом она может обладать «постоянным, полным и вполне совершенным бытием». Согласно Иоанну Пекаму, следующему влиятельной традиции, которая восходит одновременно к Августину Блаженному и к нехристианским философам (Авиценне и Авицеброну), как и все вещи этого мира, душа состоит из материи и формы: душа «есть духовная субстанция, составленная из собственных материи и формы». Для обоснования того, что материя является составной частью души, Иоанн Пекам приводил в «вопросах» по “Сентенциям” ряд рациональных аргументов: материальность души подтверждается её способностью к движению и склонностью к изменению, материя есть основание существования индивидуального, а всякая душа индивидуальна. В вопросе о происхождении индивидуальных человеческих душ Иоанн Пекам был убеждённым креационистом, полагая, что всякая душа творится Богом и по Его повелению соединяется с телом. Обсуждая различные трудности, связанные с учением о взаимоотношении между душой и телом, Иоанн Пекам отмечал, что душа есть двигатель тела, направляющий его к совершенству. При этом тело как данное конкретное тело оформляется не душой, а особой «формой телесности», и уже с оформленным таким образом телом соединяется душа. Способ взаимодействия нематериальной души с материальным телом Иоанн Пекам подробно не анализировал, однако у него встречаются высказывания о том, что такое взаимодействие осуществляется благодаря особым «жизненным духам» (spiritus vitatles), учение о которых разрабатывалось арабскими мыслителями – Авиценной и аль-Газали.