Напротив, по мнению приверженцев теории единства формы, после смерти тело лишается души как единственной формы и потому становится первой материей; однако поскольку первая материя, по их убеждению, не может существовать без формы, место души сразу же занимает новая форма, которая оформляет тело, превращая его в труп. Актуальность вопроса о единстве или множественности форм определялась его теологическим приложением к вопросу о природе тела Христа после Его смерти. Именно вытекающее из позиции Фомы Аквинского решение этого вопроса позволило Иоанну Пекаму обвинить Фому Аквинского в отстаивании не просто философских новшеств, но еретических взглядов. По мнению Иоанна Пекама, если допустить, что после отделения души Христа от Его тела оно было оформлено некой иной формой, то окажется, что до смерти, после смерти и после воскресения Христос обладал тремя различными природами, т.е. что существует не один Христос, а три разноприродных Христа. Сходные проблемы возникают и при попытках совместить представление о единстве формы с учением о телах (мощах) святых, которые почитаются как тела конкретных людей, а также с учением о присутствии Тела Христова в таинстве евхаристии. Согласно Иоанну Пекаму, независимо от того, насколько философски обоснованным выглядит учение о единстве формы, оно должно быть отвергнуто как приводящее к еретическим выводам в области богословия. Обсуждая тесно связанный с учением о материи и форме вопрос об индивидуации (см. также Индивид), Иоанн Пекам находил ошибочным представление о том, что для образования индивида к виду должно быть прибавлено ещё некое «положительное сущее» (так, например, учил позднее Иоанн Дунс Скот). Следуя концепции Роджера Бэкона, Иоанн Пекам считал, что индивидуальность задаётся уникальностью сочетания в каждой вещи материи и формы как образующих её начал. Индивидуация, по представлению Иоанна Пекама, «происходит через нумерическое сущностное различие (differentiam essentialem numeralem) первых субстанциальных начал». Для объяснения формирования индивидов на физическом уровне Иоанн Пекам использовал понятие Роджера Бэкона «семенное основание» («ratio seminalis»). Всякое живое существо, согласно Иоанну Пекаму, обладает особой силой порождать подобное себе, как бы «транслируя» соотношение определённой материи с определённой формой. Серьёзное внимание Иоанн Пекам уделил фундаментальному для Средневековья вопросу об универсалиях, также ориентируясь при его решении на собственное учение о соотношении материи и формы. Согласно Иоанну Пекаму, универсальное не может быть в материи, поскольку материя всегда так или иначе индивидуализирована. Иоанн Пекам внимательно анализировал различные представления об универсальном, выделяя среди прочего мнение Авиценны, что универсальное не тождественно общему, которое позднее использовал при разработке учения об «общей природе» Иоанн Дунс Скот. Однако Иоанн Пекам не соглашался с Авиценной, поскольку его позиция представлялась Иоанну Пекаму противоречащей традиционному учению Аристотеля и Порфирия об универсалиях как о чём-то одном (unum), «существующем во многом и (сказывающемся) в отношении многого» (in multis et de multis). По мысли Иоанна Пекама, так понимаемое универсальное не может существовать только в душе (как считали номиналисты), но должно иметь некое особое существование «вне души» (extra animam).