Разделяя католическое учение об исхождении Святого Духа не только от Отца, но и от Сына, Иоанн Пекам пытался дать ему философское обоснование. По его утверждению, Сын происходит от Отца природным способом (emanat per modum naturalem), тогда как Святой Дух происходит «по способу свободы» (per modum liberalem). Следуя Августину Блаженному, Иоанн Пекам считал изведение Святого Духа актом любви, который не может происходить от одного начала, но требует двух начал. В соответствии с августиновской традицией Иоанн Пекам понимал изведение Святого Духа как взаимную любовь Отца и Сына, которую он обозначал также терминами «родство» (germanitas) и «взаимная приязнь» (condilectio). Необходимость признания исхождения Святого Духа от Сына Иоанн Пекам обосновывал и с помощью аргумента, согласно которому, если Святой Дух исходил бы только от Отца, исчезло бы различие между Святым Духом и Сыном. При обсуждении вопроса о Божественном знании Иоанн Пекам принимал традиционное для францисканцев учение о том, что Бог знает не только универсалии, но и индивидуальные вещи. Знание Бога, согласно Иоанну Пекаму, проистекает из познания Им Своей сущности в интуитивном акте в качестве источника, причины и основания всего существующего. Бог, по словам Иоанна Пекама, «познаёт и производит внешние вещи посредством идеальных понятий (per rationes ydeales), которые сущностно суть то же, что и Он Сам», т.е. которые тождественны Божественной сущности в силу Божественной простоты. Возражая Фоме Аквинскому, Иоанн Пекам полагал, что наряду с единичными вещами Бог может познавать и материю как таковую до её оформления и превращения в конкретные вещи. В соответствии с учением Аристотеля, метафизика есть наука о сущем и о бытии. Иоанн Пекам выделял четыре смысла, в которых можно говорить о бытии некой вещи. Во-первых, бытие может означать свойство, которым обладает вещь, «бытийствование» – эту позицию Иоанн Пекам возводил к учению Авиценны (Ибн Сины) о бытии как об акциденции. Во-вторых, бытие может обозначать всю в целом природу вещи (totam naturam rei), т.е. всё в вещи, кроме её акциденций. В-третьих, бытие обозначает форму вещи, которая задаёт её чтойность. В-четвёртых, бытие обозначает то, что попадает под некое определение, – именно в этом смысле говорится о бытии акциденций. Из всех метафизических вопросов во времена Иоанна Пекама наибольшую актуальность приобрёл вопрос о том, как соотносятся между собой форма и материя в единичных вещах, и прежде всего, в человеке. Хотя большинство схоластов разделяли учение Аристотеля о том, что всякая вещь является единством формы и материи, это единство описывалось в XIII в. различным образом. Согласно первой позиции, приверженцем которой были Фома Аквинский и его собратья по доминиканскому Ордену, всякая индивидуальная вещь может иметь одну и только одну форму, которая индивидуализируется благодаря её соединению с материей. Согласно второй позиции, которую защищали Иоанн Пекам и многие другие францисканские авторы до и после него, существует множество так называемых неполных, или подчинённых, форм, которые упорядочены иерархически и сводятся воедино полной, или высшей, формой.