Неотделанные залы предоставлялись художникам под мастерские. Так, несколько лет в зале №33 работал В.И. Суриков, здесь были написаны картины «Покорение Сибири Ермаком» (1894–1895 гг.), «Переход Суворова через Альпы» (1899 г.), «Степан Разин» (1901–1906, 1909–1910 гг.). В 1892–1893 гг. В.А. Серов писал картину «Государево семейство во время спасения на железной дороге» по заказу харьковского дворянства: царское семейство входит в зал харьковского дворянского собрания после крушения поезда у станции Борки 17 октября 1888 г. В 1905 г. в одном из залов музея работал Сергей Алексеевич Коровин над картиной «Куликовская битва» для Московского зала. Музей предоставлял помещения для временного хранения коллекций и картин. Так, в 1906–1909 гг. здесь находились несколько картин и коллекция японских вещей Василия Васильевича Верещагина, в 1906 г. – полотна М.В. Нестерова, некоторое время – «запертые ящики и вещи Л.Н. Толстого, сданные в музей на хранение С.А. Толстой» и др. В аудитории музея проходили заседания съездов и обществ, в частности Восьмой археологический съезд (1890 г.), Международный конгресс доисторической археологии и антропологии (1892 г.), Первый съезд художников и любителей художеств (1894 г.), предварительный съезд музейных работников (1912 г.) и др., устраивались лекции, концерты и собрания, от 80 до 120 ежегодно, в том числе собрания общества Alliance Française, занимавшегося обучением французского языка. В помещении канцелярии музея проходили заседания Московского нумизматического общества (с 1888 г.), Диалектологической комиссии при Отделении русского языка и словесности императорской Академии Наук, Общества попечения о неимущих и нуждающихся в защите детях, Общества истории литературы (с 1911 г.), Общества любителей старины (с 1914 г.). Василий Алексеевич Городцов в дневнике писал, что 28 апреля 1917 г. «в открытые залы музея вошёл солдат-малоросс и начал кричать: «Вот куда наши трудовые гроши тратят: строят миллионные домы для хранения поганых черепков и никуда не годных бумаг! Товарищи! – обратился солдат к сбежавшейся публике, – весь этот навоз нужно выбросить вон, а в доме устроить фабрику!» Произошло движение. В музее оказалось много солдат и чернорабочих, и они, видимо, разделяли взгляды оратора». 27–28 ноября 1917 г. под стенами музея развернулось сражение, в музейных помещениях перевязывали раненых. В 1917 г. на хранение в музей поступали коллекции частных лиц и учреждений: 28 ящиков собрания гравюр Павла Яковлевича Дашкова, шесть ящиков, в которых были помещены уникальные художественные ценности из Петрограда, включая картины Леонардо да Винчи и Боттичелли, четыре ящика коллекций графа Строганова (Сергея Александровича или Григория Сергеевича), пять ящиков из Академии Наук с ценностями, в том числе подлинными рукописями А.С. Пушкина и М.Ю. Лермонтова. В 1918–1920 гг. фонды музея существенно пополнились; составители отчёта за 1916–1920 гг. характеризовали этот период как «исключительный в жизни Музея как по количеству, так и по значительности его приращений». В фонды музея вошли собрание древностей, рукописей, архив и библиотека Уваровых, собрание серебра Алексея Александровича Бобринского, серебра, фарфора и стекла Николая Михайловича Миронова, огромный архив Куракиных, нумизматическое собрание и библиотека Павла Васильевича Зубова, библиотеки со специальным подбором книг библиофила и издателя Льва Эдуардовича Бухгейма, историка Геннадия Фёдоровича Карпова и генеалога Леонида Михайловича Савёлова.