Уже в 1880 гг. идея создания национального музея нашла отклик у представителей РПЦ. Фонды музея пополнили дары архиепископа Владимирского и Суздальского Феогноста (Лебедева), Сергия (Спасского), епископов Вологодского и Тотемского Израиля (Никулицкого), Великоустюжского Иоанникия (Казанского), Пермского и Соликамского Никанора (Надеждина), епископа Угличского Амфилохия (Сергиевского-Казанцева), настоятелей Димитриева Прилуцкого монастыря архимандрита Анатолия (Смирнова), Тихвинского Большого монастыря архимандрита Евгения (Эпштейна), настоятельницы Новодевичьего московского монастыря игуменьи Антонии (Каблуковой), протоиереев Дмитрия Фёдоровича Певницкого и Константина Ивановича Богоявленского. Среди дарителей Исторического музея – Московская духовная академия, Санкт-Петербургская духовная академия, Киевская духовная академия и Казанская духовная академия, архивы, библиотеки, православные братства, Государственная дума, книгоиздательства, комитеты различных выставок, министерства, Пантелеимонов на Афоне, Пафнутиев Боровский, путивльский Молченский в честь Рождества Пресвятой Богородицы, Антониев Сийский, Тупический, великоустюжский во имя архангела Михаила монастыри, Флорищева в честь Успения Пресвятой Богородицы пустынь,  церкви, редакции газет, в том числе «Епархиальных ведомостей» по всей России, научные общества, военные штабы, Национальная академия в Реймсе, Сербская королевская академия в Белграде, Библиотека Конгресса в Вашингтоне, Музей искусств в Нью-Йорке, Французский национальный клуб, Парижский муниципалитет, Королевские музеи в Берлине, правительства Аргентины и Японии. Богатейшее собрание Музея древностей, насчитывавшее около 300 тыс. предметов (произведения ювелирного искусства, иконописи, живописи, лицевого шитья, рукописи), целиком передал в дар Историческому музею в 1905 г. П.И. Щукин. Совет Исторического музея избрал Петра Ивановича Щукина в почётные члены. В том же году в фонды Исторического музея было принято полностью собрание Алексея Петровича Бахрушина, переданное по его духовному завещанию 1904 г. Оно было не столь обширным (около 2 тыс. предметов и 25 тыс. книг), но весьма ценным. В 1906–1932 гг. в составе Исторического музея находился Музей памяти Фёдора Михайловича Достоевского, собрание которого (более 4 тыс. единиц хранения), переданное вдовой писателя Анной Григорьевной Достоевской (Сниткиной), включало фамильные бумаги рода Достоевских, подлинные рукописи сочинений, переписку, издания сочинений, рецензии и переводы, портреты, а также вещи, принадлежавшие писателю и его родным. В 1904–1915 гг. по инициативе Софьи Андреевны Толстой в музее хранился архив Льва Николаевича Толстого (переписка, копии дневников за 1851–1910 гг., изобразительные и архивные материалы) и личные вещи писателя. При библиотеке Исторического музея находился отдел имени Александра Сергеевича Грибоедова, для которого приобретались рукописи писателя на капитал Александры Ксенофонтовны Медведниковой, завещанный ею в 1902 г. музею специально на эти цели, и отдел имени Николая Васильевича Гоголя, организованный в 1908 г. по инициативе профессора Михаила Нестеровича Сперанского.