В старицком монастыре Иов был тепло принят настоятелем обители Дионисием (Зобниновским). После убийства Лжедмитрия I и воцарения 1 июня 1606 г. Василия Ивановича Шуйского, изгнавшего Игнатия, Иову было предложено вернуться на патриаршество, но тот отказался, сославшись на слепоту и преклонный возраст. Патриархом был избран Казанский митрополит Гермоген. В феврале 1607 г. Иов был приглашён царём Василием Ивановичем, освященным Собором и всеми «чинами» русского общества в Москву. В Старицу прибыла делегация во главе с Крутицким митрополитом Пафнутием, молившая Иова «простити и разрешити всех православных крестьян». 20 февраля 1607 г. патриархи Иов и Гермоген совершили богослужение в кремлёвском Успенском соборе, народ просил у них прощения за нарушение крестного целования царю Фёдору Борисовичу и за признание самозванца. В соборе была прочитана разрешительная грамота, составленная от имени двух первосвятителей. Иов скончался и был похоронен в старицком Успенском монастыре; его отпевали Крутицкий митрополит Пафнутий, Тверской архиепископ Феоктист, архимандрит Дионисий (Зобниновский) в сослужении духовенства. Спустя некоторое время архимандрит Дионисий воздвиг над погребением Иова «палатку». Согласно описи старицкого Успенского монастыря 1607 г., Иов незадолго до кончины сделал в монастырь несколько значительных вкладов. 13 июля 1606 г. он передал обители 56 томов своей келейной библиотеки. Помимо богослужебных книг среди них были Острожская Библия, Учительное («толковое») Евангелие «виленской печати», Римский патерик и Беседы на Евангелие папы Григория Великого, «Шестоднев» Иоанна Экзарха, «Маргарит» (рукописный), сочинения Феодора Эдесского, Жития преподобных Евфимия Суздальского и Сергия Нуромского (Обнорского), «книга из Палеи, да в нейже правила святых апостол и святых отец», «книга в полдесть, в начале Черниговским четыре Слова» и др. 22 октября 1606 г. Иов дал вкладом в монастырь по своему келейнику старцу Афанасию три иконы деисуса в драгоценном окладе. Среди иконной «казны» Иова, оставшейся после смерти патриарха в Успенском монастыре, большинство составляют изображения русских святых: икона Авраамия Ростовского, две иконы св. князя Александра Ярославича Невского, икона св. митрополита Алексия («Алексея чудотворца»), две иконы Антония Сийского, четыре иконы святых Бориса и Глеба «на золоте», три иконы Димитрия Прилуцкого, образ Ефрема Новоторжского «на золоте», икона преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, припадающих к ногам стоящего Спасителя, иконы Иосифа Волоцкого и Корнилия Комельского, молящихся перед образом Богоматери, две иконы Макария Калязинского «на золоте», образ Павла Обнорского, икона Саввы Сторожевского «на золоте», «пять образов Ярославских чудотворцев, на золоте». Исследователям известны более ранние вклады Иова в кремлёвский Успенский собор: Требник, данный по новоспасскому архимандриту Закхею (15 декабря 1602 г.), лицевой Служебник (1 мая 1604 г.; Исторический музей). На листах Служебника написано только по девять строк. По мнению Марфы Вячеславовны Щепкиной, организация текста в рукописи обусловлена тем, что кодекс был создан по заказу слабовидящего Иова (рукопись является памятником книжного искусства).