Отказ от практики тарифного покаяния постепенно привёл к тому, что Пенитенциалы были вытеснены другим типом книги – Summa confessorum, содержавшим наставления для пресвитеров о правилах принятия исповеди (пресвитер, прежде чем произнести разрешительную формулу, должен был не только внимательно изучить причину и характер греха, но и принять во внимание пол, возраст, социальное положение кающегося). В правиле 21 четвёртого Латеранского собора, а также в декрете папы Иннокентия III «Omnis utriusque sexus» (1215 г.) всем взрослым мирянам предписывалось исповедоваться не реже одного раза в год. Таинство покаяния окончательно входит в число семи таинств церкви. Под влиянием схоластического богословия сакраментальная исповедь становится не просто одним из возможных типов исповеди, но и единственным действенным благодаря наличию тайносовершительной формулы «Ego te absolvo» в его составе. Возложение рук епископа, которое прежде было ключевым элементом в присоединении кающегося к церкви, начинает расцениваться как вторичный обрядовый элемент. Этот подход закрепляется постановлением Ферраро-Флорентийского собора. Идея заместительного наказания, лежавшая в основе тарифного покаяния, позже получает развитие в индульгенциях. Исповедь начинает занимать всё более значительное место в духовной жизни мирян. Вместо исчезнувшего из церковной жизни разряда пенитентов появляются отдельные общины, члены которых стремились к буквальному исполнению евангельских заповедей и объявляли своей главной целью усиленное покаяние. В 1221 г. получил признание и оформился Орден пенитентов, но и члены этого Ордена по уставу должны были исповедоваться у священника трижды в год. Несмотря на широкое распространение практики сакраментальной исповеди, во многих частях Европы (например, в Северной Франции) даже в XV в. имело место публичное общее покаяние в период Великого поста как подготовка к причащению на Пасху (так называемый Generalis confessio gallicana). На четырнадцатой сессии Тридентского собора в 1551 г. было принято постановление о том, что исповедь должна быть полной. Кающийся должен исповедать все смертные грехи, тайные и явные. Несмертные грехи перечислять необязательно, но полезно. Священник может отпустить грехи и наложить епитимию. Все исповеданные грехи прощаются, а сокрытые – нет. Стандартный чин исповеди приводится в «Ритуале» 1614 г. В этом чине за текстом наставления принимающему исповедь священнику следуют молитва «Да помилует тебя Всемогущий Бог...», формула «Господь наш Иисус Христос тебя разрешает, и я властью Его тебя разрешаю...», а в конце читается напутственное благословение «Страсти Господа нашего Иисуса Христа...». В конце XVI – начале XVII вв. процедура тайной исповеди изменилась, когда в широкий обиход были введены конфессионалы (исповедальни).