В поздневизантийскую эпоху епитимийные Номоканоны, по сути, остались только в качестве ориентира для наложения епитимий (выдержки из них часто прилагались к чинам исповеди). Однако на практике принимающие исповедь действовали по своему усмотрению. Симеон Солунский оправдывает такой подход тем, что неукоснительное следование правилам св. отцов в наложениях епитимий означает не только строгое их соблюдение, но и возможность сокращения сроков покаяния, если кающийся проявляет усердие. Сам Симеон в качестве епитимий рекомендовал раздачу милостыни, выкуп пленных, заботу о больных. По его мнению, образцом для кающегося должны служить евангельские рассказы о покаянии Закхея и блудницы. Истинной является только такая исповедь, которая сопровождается подлинным раскаянием и сердечным сокрушением. Исповедь надо принимать в священном месте, наедине; принимающий исповедь может сидеть, а кающийся должен стоять. Исповедание грехов должно совершаться по трём категориям, которые соответствуют трём частям души – разумной, страстной и яростной (по мнению исследователей, это деление воспринято Симеоном из «Епитимийных канонов»). В период XVI–XXI вв. чинопоследования исповеди продолжают эволюционировать. Уже в XVI в. в их составе появляются молитвы, в которых содержатся не только прошения о прощении грехов, но и констатация факта прощения в результате исповеди (что выражается в формулах «прощаю и разрешаю»). Вопросы к исповедающимся продолжают детализироваться. При этом развивается жанр наставлений для духовников и кающихся – эксомологитариев (наиболее известный написан Никодимом Святогорцем). В современных греческих монастырях сохраняется практика старческой исповеди; на приходах духовником может быть только священник, имеющий особую хиротесию от епископа (в «Архиератиконе» есть чин поставления духовника). Исповедь не привязана жёстко к причащению и совершается в любое время с определённой периодичностью. Для этих целей в греческих храмах появились отдельные помещения (эксомологитирионы), в которых духовники принимают прихожан в определённые часы. В РПЦ исповедь традиционно связывалась с периодом Великого поста; ей обычно предшествовало говение. В отличие от Греческой церкви принимать исповедь мог каждый священник, но при этом менять духовника запрещалось; епитимия, наложенная одним священником, не могла быть отменена другим. Ещё в Номоканоне патриарха Иоасафа I (1639 г.) сохраняется возможность исповеди у простого монаха. Женщин обычно исповедовали пожилые священники, часто не в самом храме, а в притворе. Номоканоны и епитимийники эволюционировали в Русской церкви гораздо быстрее, чем в других славянских и греческих церквах. С конца XIV в. появляется жанр «поновлений» (перечисления грехов от лица кающегося). Вопросы, задаваемые на исповеди, начинают распределяться по категориям: сначала возникает деление на мирские и монашеские вопросники, а с XVI в. появляются особые вопросники для детей, девиц, вдов и вдовцов, клириков, архиереев, царей; некоторые из них включают до 150 статей.