В настоящее время лучше всего изучена практика исповеди в церквах восточно-сирийской традиции. В IV–V вв. в приходах, которые находились за пределами Римской империи, практиковалось каноническое покаяние. По словам Афраата, покаяние совершается лишь однократно, и христианам лучше бы вообще не прибегать к этому таинству, поскольку оно установлено только для тех, кто впал в духовную болезнь. При этом сама исповедь совершалась перед епископом тайно, грехи не оглашались. В шестом каноне патриарха Ишоява I говорится, что согрешающие тайно должны и каяться тайно. В литургических книгах отражён сложный чин покаяния. Он должен совершаться в случае тяжёлых грехов (апостасия, блуд, колдовство, нарушение поста и т.п.). В зависимости от степени греха возможно помазание елеем, смешанным с крещальным (об использовании елея в покаянных чинах говорится уже у Афраата). Сирийские канонические сборники предусматривают наложение епитимии. На практике чин совершается редко. Позднесредневековая практика покаяния, в частности, продажа индульгенций, послужила одним из поводов для начала Реформации. Несмотря на иную трактовку учения о «власти ключей» и сомнения в том, что покаяние является таким же таинством, как крещение и евхаристия, Мартин Лютер выступил за сохранение практики индивидуальной тайной исповеди перед священнослужителем. По его мнению, исповедь была лучшим напоминанием сути Евангелия каждому человеку. Когда А. Боденштайн в 1522 г. отменил исповедь в Виттенберге, М. Лютер произнёс проповедь, в которой сказал, что лично убедился в силе исповеди для борьбы с дьяволом. Позиция М. Лютера нашла отражение в Аугсбургском исповедании, в статье 11 которого говорится, что частная исповедь должна быть сохранена, но без полного перечисления всех грехов, поскольку это невозможно, а в статье 25 отмечается, что тот, кто не исповедовался и не получил разрешения от грехов, не может приступить к Трапезе Господней. На протяжении XVI–XVII вв. в лютеранской традиции появилось множество чинов исповеди, которые, в основном, состояли из трёх элементов: исповедания веры, исповедания грехов и разрешения от них. Однако в отношении сакраментального статуса исповеди единства во мнениях у лютеран не было. Параллельно с индивидуальной исповедью во многих лютеранских общинах (особенно в эпоху пиетизма) распространяется публичная общая исповедь. В англиканской традиции исповедь и разрешение от грехов стали частью общинного богослужения (после призыва к покаянию каждый молится про себя об отпущении грехов, затем прочитывается общая исповедь и общее отпущение грехов). В отношении тайной исповеди имели место острые споры. Тем не менее, она сохранилась на практике (может, подобно католической традиции, совершаться в исповедальне), хотя и не является общеобязательной. Другие протестантские деноминации допускают разные формы исповеди, но рассматривают её, скорее, как дисциплинарное, чем сакраментальное действие. Главным считается внутреннее покаяние перед Богом.