В ноябре 1632 г. в Варшаве было достигнуто соглашение о легализации православной иерархии в Речи Посполитой, при этом никто из епископов, поставленных в 1620–1621 гг., в том числе Исаия, не был утверждён на кафедре. В силу этого православные послы, участвовавшие в элекционном сейме, избрали Киевским митрополитом Петра (Могилу). Избрание было утверждено на коронационном сейме, Пётр (Могила) получил благословение Константинопольского патриарха Кирилла I Лукариса, в марте 1633 г. официально был признан митрополитом, в апреле того же года во Львове получил епископскую хиротонию. После поставления Петра (Могилы) Исаия отказался покинуть Михайловский Златоверхий монастырь. Сторонники новопоставленного митрополита при поддержке печерских дворян выдворили Исаию оттуда, впоследствии он некоторое время провёл под арестом в Киево-Печерском монастыре и был выпущен после того, как подписал в присутствии Петра (Могилы) и брацлавского подсудка Михаила Кропивницкого отречение от митрополичьей кафедры. О насильственном характере устранения Исаии свидетельствовал польский хронист Иоаким Ерлич, а также православный наместник Холмской епархии иеромонах Кирилл (Иванович), писавший, что Пётр своего предшественника «зверг з митрополитства». Вскоре после отречения Исаия, обратившись за помощью к казакам, объявил себя единственным законным митрополитом и обвинил Петра (Могилу) в пропольских настроениях и тайном католичестве. В ответ на это митрополит Пётр на раде Запорожского войска летом 1633 г. через своего представителя Адама Григорьевича Киселя обрушился на Исаию с критикой. Выступая лично перед казаками, митрополит Пётр обвинил Исаию в государственной измене и предал огласке его переписку с русским правительством. По мнению исследователей, тогда же казаки отказались поддерживать Исаию, и от него удалось добиться признания status quo. Исаия вернулся в Киев в 1634 г. и получил Михайловский Златоверхий монастырь, которым управлял до 19 августа 1635 г., когда был изгнан оттуда сторонниками Филофея (Кизаревича) – ставленника Петра (Могилы). В 1637 г. Исаия жаловался, что был вынужден покинуть монастырь, опасаясь за свою безопасность, чтобы просить защиты у короля. В декабре 1635 г. Исаия добился от короля Владислава IV Вазы издания указов, предписывавших митрополиту Петру примириться с Исаией, а князю Иеремию (Ярёме) Вишневецкому – не отбирать у Исаии окормляемых им заднепровских монастырей. В указе князю И. Вишневецкому Владислав IV называет Исаию законным «архиепископом Заднепровским и Северским, от короля поданным» и требует, чтобы в подчинении Исаии как епископа оставались все монастыри, духовенство и миряне в заднепровских владениях князя. Однако Пётр (Могила), по мнению исследователей, не допустил образования Северской епархии. Исаия управлял заднепровскими монастырями до 1636 г.