Посланец Исаии иеромонах Гедеон узнавал в Путивле, не может ли Исаия «со всею братьею» найти приют в России (стремление к переселению в Россию действительно существовало, свидетельством чему является тот факт, что в 1627 г. Исаия обратился к путивльскому воеводе с требованием способствовать возвращению десяти монахов, бежавших из Густынского и Мгарского монастырей в Путивль; 11 июля 1628 г., находясь в Ладинском монастыре, Исаия издал постановление, которым было запрещено покидать монастырь без дозволения). 14 сентября 1623 г. Исаие было послано из Москвы три сорока соболей. В начале 1625 г. посланцы Перемышльского епископа (монахи заднепровских монастырей) приезжали в Москву с письмом Исаии от 19 января, в котором содержалась просьба о милостыне. В 1629 г. Исаия снова обращался к царю и к патриарху с просьбами о материальной помощи, в Москву с этой целью ездили его посланцы во главе с монахом Илиёй (Бураковским). Когда в 1627 г. распространились слухи, что православные епископы, в частности Мелетий (Смотрицкий), хотят начать переговоры с униатами о соединении, Исаия выступил с резким протестом в грамотах, разосланных по всей Киевской митрополии. В связи с этим униатский митрополит Иосиф Рутский предлагал сыну княгини Раины Иеремии Вишневецкому выслать Исаию из заднепровских монастырей, но тот отвечал, что не может этого сделать из-за сопротивления казаков. Исаия принял участие в Соборе, который прошёл 15–16 августа 1628 г. в Киеве, где были осуждены униатские взгляды Мелетия (Смотрицкого). Под соборной грамотой Исаия подписался как «архиепископ Смоленский, Черниговский и всего Севера, архимандрит монастырей заднепрских». В Соборе, созванном в июле 1629 г. в Киеве по требованию короля для подготовки к объединительному Собору православной и униатской церквей, Исаия не участвовал. После смерти Киевского митрополита Иова (Борецкого) Исаия не позднее 20 июля 1631 г. был избран на митрополичью кафедру при активной поддержке со стороны казачества; в поставлении Исаии участвовал греческий Веррийский митрополит Кирилл, посетивший Киев по пути в Москву. 29 октября 1631 г. духовенство, собравшееся в киевском Златоверхом во имя архангела Михаила монастыре, утвердило Исаию митрополитом, его резиденцией был определён Златоверхий монастырь. Однако избрание и поставление Исаии не были признаны значительной частью киевских клириков и польским сеймом, причиной чего, по мнению исследователей, являлись его связи с Россией. Противником Исаии был наместник Златоверхого монастыря Филофей (Кизаревич), не пустивший митрополита в его резиденцию. Сторонникам Исаии при поддержке запорожского полковника Д. Байбузы пришлось занять монастырь силой 10 декабря 1631 г. Этому событию предшествовало письменное заявление монахов Златоверхого монастыря от 29 октября того же года, что они единогласно избрали Исаию своим главой. 31 декабря 1631 г. митрополит тайно отправил игумена Густынского монастыря Иова с письмами к царю и к Московскому патриарху. Киевский митрополит жаловался на гонения, просил о пожертвовании (в том числе о присылке св. мощей для антиминсов и всего необходимого для освящения мира) и о предоставлении приюта в критической ситуации.