В марте 1636 г. король направил митрополиту «напоминальный лист», в котором требовал вернуть Исаие Златоверхий монастырь с имениями, но напоминание не имело последствий. По преданию, Исаия безуспешно ездил к королю жаловаться на своего противника. В 1637 г. жалобы Исаии разбирала комиссия во главе с волынским воеводой князем Андреем Михайловичем Сангушко-Коширским, но монастырь не был возвращён. В конце января 1637 г. при посредничестве Луцкого и Острожского епископа Афанасия (Пузыны) в его резиденции при луцком Рождество-Богородицком монастыре в присутствии многих иноков состоялась встреча Исаии (Копинского) и Петра (Могилы) с целью примирения. 1 февраля 1637 г. Исаия подал в Луцкий гродский суд заявление об отказе от каких-либо претензий к митрополиту Петру. Впоследствии Исаия жаловался, что митрополит угрозами вынудил его пойти на примирение. 24 апреля 1637 г. доверенное лицо Исаии – православный шляхтич С. Кучмовский внёс во Владимирский гродский суд требование Исаии аннулировать его предыдущее заявление. Позднее Исаия оставался в оппозиции к Петру (Могиле). После того как племянник митрополита Петра князь И. Вишневецкий лишил Исаию управления Густынским и Мгарским монастырями из-за многократных судебных исков против митрополита, Исаия переселился в волынское Полесье и оттуда в 1637–1638 гг. через Луцкий гродский суд пытался восстановить свои права на киевский Златоверхий монастырь. Исследователи полагают, что бывший митрополит жил в единственной к тому времени крупной православной обители в Полесье – Милецком во имя Николая Чудотворца мужском монастыре. В начале 1638 г. Исаия узнал о ведущихся переговорах о соединении церквей и о проекте созыва унийного Собора и сообщил братии заднепровских монастырей, что Пётр (Могила) отступил от православия и намеревается стать патриархом под властью папы. Под влиянием этих сообщений насельники Мгарского и Густынского монастырей и инокини Ладинской обители вместе с зависимыми от монастырей крестьянами (всего около сотни человек) летом 1638 г. бежали в Россию. Однако игумен Мгарского монастыря Каллистрат, ранее бывший сторонником Исаии, в последний момент отказался от эмиграции и обратился к мгарским инокам, бежавшим в Путивль, с призывом вернуться, обвинив Исаию в обмане. Бежавшие мгарские иноки осудили Каллистрата за то, что он «отрёкся общаго отца и пастыря Исаии Копинского, благословение и клятву его поплевал и его самого мало на смерть не предал». О двух последних годах жизни Исаии исследователям ничего не известно. Бывший митрополит скончался в Нежине (ныне Черниговская область, Украина), по дороге в Москву. О кончине Исаии ообщается в записи, автором которой Ярослав Дмитриевич Исаевич считал жившего в Замостье иеромонаха Кирилла (Ивановича), православного наместника Холмской епархии: «Умер в Нежине 5 октября 1640 г., погребён в Печерску (монастыре) 13 декабря».