Посланец имел также поручения, которые должен был сообщить устно: судя по последующим действиям Исаии, речь, как полагают исследователи, шла о присоединении к России «русских земель» Речи Посполитой. Важным актом деятельности Исаии как митрополита стало его активное участие в объединении в января 1632 г. училища, основанного архимандритом Киево-Печерского монастыря Петром (Могилой), с училищем в киевском Братском монастыре. При решении этого вопроса Исаия опирался на поддержку православной шляхты и казачества. Митрополит опекал братское движение, в марте 1632 г. учредил при луцком Крестовоздвиженском ставропигиальном братстве юношеское («младшее») братство. Исаия утвердил устав «младшего» братства, написал «Послание младшей братии Луцкого монастыря» («Неискусозлобному собору честных отроков богоспасаемаго града Луцка») с поучениями о благочестии, послушании старшим, верности православной церкви и с предостережениями против общения с католиками и униатами. Около 1631 г. митрополит составил сборник дисциплинарных наставлений для духовенства «Кондицыя, господином братиям священникам належачая». От всего православного духовенства Исаия обратился с посланием к князю Иеремии Вишневецкому («Поучение князю Иеремии Вишневецкому, отступившему от православия»), убеждая его не принимать католичество. Автор критикует основные догматы католичества, обвиняет князя в неуважении к православным предкам, упоминает о преданности православию его отца – князя Михаила, основавшего несколько монастырей. Исаия пишет о благодатности православной церкви, обосновывает первенство Иерусалимского патриарха по отношению к Римскому папе. В этих условиях произошёл разрыв между Исаией и лояльным к Речи Посполитой Петром (Могилой). Монахи левобережных монастырей в сентябре 1631 г. говорили, что только Исаия стоит за православие, а Пётр (Могила) «поддаетца к ляхом в лядцкую веру». В начале 1632 г., когда начиналась Смоленская война, в урочище Черняховская Дубрава близ Канева собралась казацкая рада, на которой митрополит и старцы призывали казаков стоять за православную веру «против ляхов», говоря, что, если казаки этого не сделают, «духовный чин» будет вынужден ехать в Россию. Священнослужители обвиняли гетмана и полковников в поисках соглашения с поляками. Исследователи полагают, что под воздействием этих обвинений гетман Иван Петражицкий-Кулага и полковники были отстранены и выбраны новые гетман и полковники из числа участников казацкого восстания 1630 г. В начале октября 1632 г. собралась рада в Корсуне, на ней Исаия снова призывал казаков стоять за веру и обещал просить царя, чтобы он принял казаков под свою власть. Несмотря на противоречия между Исаией (Копинским) и Петром (Могилой), последний в качестве доверенного лица митрополита и представителя от киевского духовенства был направлен летом 1632 г. в Варшаву для участия в элекционном сейме, что было утверждено на великой казацкой раде в Прилуках.