Существовало предание, что Исаия якобы был схвачен сторонниками Петра (Могилы) по пути в Москву и уже мёртвым привезён в Киев. Наиболее известный труд Исаии – «Алфавит духовный, в ползу иноком и мирским, богоугодне жити хотящим, написанный». В литературе отмечен ряд западнорусских списков сочинения с указанием авторства Исаии, наиболее ранняя рукопись датирована 1638 г. Не позднее 1648 г. сочинение Исаии было изложено на церковнославянском языке великорусского извода уроженцем Киева И. Жуковским, который жил в Троице-Сергиевом монастыре. Впервые сочинение было издано в типографии Киево-Печерского монастыря в 1710 г. без указания автора; написавший предисловие иеромонах Илия посвятил книгу Киевскому митрополиту Иоасафу (Кроковскому). В XVIII–XIX вв. «Алфавит духовный» выдержал ещё 14 изданий в Киеве, Чернигове и Санкт-Петербурге, все они были анонимными; по мнению исследователей, отсутствие указания на авторство Исаии могло быть следствием негативного к нему отношения ряда украинских иерархов в первой половине XVIII в., в том числе митрополита Иоасафа (Кроковского). К «Алфавиту духовному» проявлял большой интерес Димитрий Сави (Туптало), назвавший автором труда Исаию. В 1705 г. святитель Димитрий подарил рукопись «Алфавита духовного» Тобольскому митрополиту Филофею (Лещинскому). Димитрий (Туптало) составил краткое изложение книги, вошедшее наряду с другими материалами в авторский рукописный сборник 1704 г. В 1879 г. это краткое собрание поучений было издано московским Обществом распространения полезных книг под названием «Краткий духовный алфавит Дмитрия Ростовского». К тому времени созданный Исаией полный текст «Алфавита духовного» выдержал более десятка изданий, но ни в одном из них автор не был указан, вследствие чего автором сочинения стали считать Димитрия Ростовского. Епископ Иустин (Полянский), который перевёл «Алфавит духовный» на русский язык, также приписал труд Димитрию Ростовскому; перевод был издан с указанием авторства Димитрия (Туптало) в 1898 г., впоследствии неоднократно переиздавался (в том же году на основе рукописи Димитрия был составлен сборник «Выписи из книги святителя Димитрия Ростовского «Алфавит духовный» с разночтениями против печатного издания 1898 г.»). Современные издатели «Алфавита духовного» ошибочно приписывают его Димитрию Ростовскому. Необоснованной представляется точка зрения С.В. Тимченко, считающего, что Димитрий Ростовский, будучи автором «Алфавита духовного», из смирения приписал авторство Исаие. Между рукописями «Алфавита духовного» с указанием авторства Исаии и печатными анонимными вариантами XVIII–XIX вв. нет существенных расхождений. Первое издание «Алфавита духовного» включало следующие разделы: три вводные части («Мова до преосвященнаго господина и отца Иоасафа Кроковскаго» (автор иеромонах Илия), «О еже точию о едином Господе радоватися подобает, а не о тленных мира сего вещех», «Предословие к любезному читателю»), оглавление, три основные части с общим названием «Алфавит же сей духовный сице зде положихом» (первая часть из 12 глав: «О еже первейшая вина бысть Адамлю падению», вторая часть из девяти глав: «О еже блюстися во всех вещех суетнаго восхваления», третья часть из 11 глав: «О еже не сребролюбствовати, но на Бога точию единаго имети упование»), заключительный раздел «Стихословия любезнаго к Богу взывания» (пять стихотворных молитв).