Комиссия состояла при открытой в 1828 г. Литовской духовной семинарии, которая находилась в Жировицком монастыре. Преподавательский состав был подобран им из людей, убеждённых в необходимости воссоединения. Здесь же проходили обучение и аттестацию священники и дьячки, поставленные ранее, но оказавшиеся малоподготовленными. Обрядовая реформа встречала ропот духовенства и открытые требования (например, в Новогрудке и Клецке) всё оставить в прежнем виде. В Литовской епархии 15 священников были переведены на причётнические должности за непринятие православного Служебника. В течение 1834–1835 гг. Иосиф упразднил в Литовской епархии 130 маленьких приходов (всего к закрытию было предназначено 200 приходов). Недостойные клирики почислялись за штат, а те, кто не имели морально-нравственных изъянов, назначались вторыми священниками при достойных настоятелях. К 1835 г., согласно решению, принятому в 1828 г., унию оставили иноки, соблюдавшие римский обряд. Успех литургических преобразований и подчинение в 1837 г. греко-католиков обер-прокурору позволили Иосифу лично и через доверенное начальствующее духовенство приступить к сбору с приходских священников «подписок» о личном желании присоединиться к православию. Первые десять «подписок» он взял ещё в 1834 г. В 1837–1838 гг. этот процесс приобрёл массовый характер. Всего к февралю 1839 г. было получено около 1,3 тыс. таких «подписок». Инициатива Иосифа не встретила возражений в Литовской епархии, но столкнулась с непониманием в Белорусской, где викарный епископ Лужинский не сумел преодолеть сопротивление митрополита Игнатия Булгака, а также членов епархиальной консистории, в большинстве своём настроенных против сближения с православными. По мнению исследователей, негативную роль сыграла и деятельность архиепископа Смарагда. Поэтому преобразования в Белорусской епархии, подготовительные к воссоединению, не проводились с должной последовательностью, не имели такой же эффективности, как в Литовской, и сбор «подписок» здесь привёл к недоразумениям и даже к отдельным протестам. Иосиф видел в этом не только естественное желание недостаточно убеждённых в справедливости совершаемого дела людей остаться верными старине, но и противостояние польско-католической партии, для которой планы по ликвидации унии перестали быть секретом в связи со сбором «подписок». Латинское духовенство и польские помещики, пользуясь своим влиянием на униатских священников, инспирировали их жалобы и обращения к высшей власти с требованиями оставить унию в покое. Самый значительный протест имел место в сентябре 1838 г., когда 111 священников Белорусской епархии подали прошение на имя императора об оставлении их в унии. К протестовавшим духовная власть применяла «кроткие увещевания», перевод из одной епархии в другую, лишение прихода, низведение на причетническую должность, временное помещение в монастырь. Упорствующих, по ходатайству Иосифа, светская власть высылала в великорусские губернии. Крайние меры применялись редко (например, из 111 возмутившихся священников было наказано 25 человек: 12 перевели в Литовскую епархию, восемь отправили в униатские монастыри и только пять выслали в великорусские губернии), однако для Иосифа стало очевидным, что общее воссоединение необходимо форсировать.