Император Николай I через обер-прокурора Синода графа Николая Александровича Протасова потребовал от Иосифа объяснений. 8 октября 1836 г. архиерей представил записку, в которой предупреждал об опасностях подготовки ликвидации унии. Он видел их как в подчинении униатов Д.Н. Блудову в качестве министра внутренних дел и главноуправляющего иностранными исповеданиями, так и в том, что православное духовенство, не доверявшее униатскому священноначалию, чрезмерной миссионерской активностью отталкивало большую часть униатов от православия; и, наконец, в жёстком противодействии со стороны латинского духовенства и поляков. Единственный выход из затруднения, по мнению Иосифа, заключался только в подчинении униатской церкви обер-прокурору Синода. «Замедление, – делал вывод Иосиф, – решительно обращается только в пользу Римлян, и, по всей вероятности, через некоторое время эта мера будет уже бесполезной и только подвергнет оное начальство (т.е. правительство) ответственности за неуспех дела, предыдущими обстоятельствами приготовленный». Записка имела успех, и 1 января 1837 г. заведование униатскими делами перешло в ведомство обер-прокурора Синода с одновременным подчинением Греко-униатской коллегии Сенату. Эта мера была половинчатой, но она давала надежду на согласованную координацию действий православного и греко-католического священноначалия. В июле 1837 г. по ходатайству Н.А. Протасова архиепископ Смарагд был переведён из Полоцка на Могилёвскую кафедру. С его уходом из региона компактного проживания униатов частные присоединения практически прекратились, что устранило альтернативу воссоединительному проекту. Во второй половине 1830 гг. Иосиф трудился над литургическим сближением униатов с православными, полагая это необходимым предварительным условием подчинения греко-католического Высшего церковного управления Синоду. Его начинания в этом направлении, в основном, носили характер личной инициативы, поэтому он мог действовать только в пределах Литовской епархии. Белорусская, находившаяся под омофором митрополита Игнатия Булгака, была ему недоступна. Опираясь на постановление Греко-униатской коллегии (7 февраля 1834 г.), Иосиф в 1834–1837 гг. инициировал перестройку храмов согласно восточной традиции. Из церквей убирались органы, как боковые, так и центральные латинские алтари, амвоны, монстранции, статуи, колокольчики и проч. Сооружались престолы на середине алтаря. Ещё в 1833 г., до постановления коллегии, началось устройство в приходских храмах иконостасов. К 1837 г. в Литовской епархии насчитывались 641 церковь с иконостасами и лишь 15 – без таковых. В Белорусской епархии при прежде бывших 230 иконостасах более 100 церквей оставались без них. Католическая богослужебная утварь и облачения заменялись православными: 517 церквей были снабжены дарохранительницами, дискосами, звездицами и копиями, плащаницами, ризами. В употребление вводились книги московской печати: Евангелия, Апостолы, Служебники, книги молебных пений и проч. Для практического изучения духовенством православного богослужения Иосиф учредил комиссию, определявшую правоспособность кандидатов на священнические и причётнические должности.