В целом преобразования 1828 г. вели к канонической автономии греко-католической церкви, к ограждению католиков восточного обряда от влияния латинского духовенства и польских помещиков, а также к приближению униатов к православной церкви в церковно-административной и духовной сферах. Преобразования не касались канонического подчинения униатов Риму, их католического вероучения и литургической практики. Для ознакомления униатского духовенства с учением православной церкви в 1829 г. Иосиф Семашко перевёл на польский язык сочинение «Разговоры между испытующим и уверенным о Православии греко-российской восточной Церкви» Московского митрополита Филарета (Дроздова). Поддержку воссоединительному проекту оказывал император Николай I, непосредственным исполнителем был назначен Д.Н. Блудов, убеждённый сторонник постепенного воссоединения греко-униатов с православием. Иосиф Семашко выступал в роли советника. В 1828–1829 гг. были проведены почти все намеченные церковно-административные реформы. При этом Иосиф Семашко, действуя в режиме строгой секретности, не только консультировал Д.Н. Блудова посредством конфиденциальных записок, но и составлял черновые проекты правительственных распоряжений. 31 декабря 1828 и 12 января 1830 г. кардинал Томмазо Бернетти и Римская курия подали русскому правительству ноту протеста, в которой критиковался происходивший процесс воссоединения. Католики считали, что преобразования являются «происками» приходского униатского духовенства, которое желает добиться уравнения в привилегиях с римско-католическим духовенством, что белый клир стремится упразднить василианские монастыри и завладеть их доходами, что новый порядок управления унией в России не вводится решением папы и несходен с порядком управления другими католическими провинциями. Критиковалось и сокращение числа униатских епархий. По поручению императора Николая I Иосиф Семашко составил проект ответа Риму – «Записку... с опровержением притязаний, полученных правительством от Римского двора, по поводу новых распоряжений относительно униатов» (от 6 апреля 1829 г.). Опираясь на бреве папы Климента VIII, буллу папы Бенедикта XIV и универсал короля Сигизмунда III Вазы, данный униатам при введении унии, а также указав на противоречия в постановлениях Ферраро-Флорентийского собора (1438–1439 гг.), Иосиф Семашко опроверг все обвинения и попытался доказать, что проводимые реформы направлены на благо униатской общины в России и ведут её к оздоровлению и укреплению. 21 апреля 1829 г. последовал Высочайший указ «о бытии Семашко викарным епископом и председателем белорусской греко-униатской епархии». 29 июля 1829 г. Иосиф Семашко принял монашество, сохранив мирское имя, и, оставаясь членом Греко-униатской коллегии, 4 августа 1829 г. был хиротонисан во епископа с титулом «епископ Мстиславский» и назначен викарием Полоцкого епископа Иакова Мартусевича с поручением исполнять обязанности председателя консистории Белорусской епархии. Во время хиротонии, совершавшейся униатскими иерархами митрополитом Игнатием Булгаком и епископом Иаковом Мартусевичем, а также католическим епископом Иосифом Гедройцем в костёле великомученицы Екатерины Санкт-Петербурга, Иосиф, принося присягу на верность папе, с ведома императора Николая I опустил в её тексте «противные его религиозной совести места» (исследователям неизвестной, какие именно).