Немалые усилия Иерофей прилагал для укрепления состава духовенства Никольского викариатства, рукополагая во диаконы и священники стойких в вере крестьян; причём некоторые хиротонии уже в это время являлись тайными. Владыка принимал в клир епархии священнослужителей после освобождения из заключения в тюрьмах и на Соловках. По некоторым оценкам, он совершил тайные монашеские постриги не менее 30 монахинь, в том числе из апостолиц. От подчинённого ему духовенства Иерофей требовал приобщения крестьян к вере, строгого соблюдения всех религиозных праздников и обрядов, участия в крестных ходах. Стремясь к более глубокому воцерковлению прихожан, ввёл практику проведения в храмах предварительной общей исповеди с разъяснением народу природы и сущности греха. Следуя древней православной традиции, соборовал всех находившихся в храме, помимо совершения таинства над тяжелобольными на дому. За эти так называемые новшества («общее соборование, общие исповеди, допущение спанья в храмах, панибратство с мирянами, частые разъезды по деревням») клир кафедрального собора критиковал владыку, обращался с жалобами к патриарху Тихону. Иерофей предпринял попытку создать органы управления Никольским викариатством и в июле 1924 г. обратился в Никольский райисполком с просьбой о регистрации епископской кафедры. Ходатайство не было удовлетворено и послужило в последующем основанием для обвинений Иерофея в «присвоении административных, публично-правовых функций и прав юридического лица по управлению епархии без регистрации этого управления в надлежащих органах власти». В октябре было начато следствие по делу Иерофея, его вызывали на допросы к уполномоченному ОГПУ по Никольскому району Рыкову. Недовольство властей вызывала активная борьба Иерофея против местных обновленцев, которых он отлучал от церкви. Внимание властей к Иерофею ещё больше усилилось в связи с тем, что с осени 1924 г. на него были возложены обязанности временно управляющего Великоустюжской епархией после ухода на покой Великоустюжского архиепископа Алексия (Бельковского). К Иерофею обращались за окормлением и приходы на территории Коми (Зырян) автономной области. Усилившиеся разногласия с духовенством Сретенского собора, которое в конфликте с властями заняло двойственную позицию, вынудили его примерно в декабре 1924 г. перейти служить в Казанский храм Никольска; он поселился в келье рядом с алтарём. 27 декабря Иерофей был приговорён Народным судом первого участка Никольского района к шести месяцам принудительных работ без содержания под стражей, заменённых штрафом в 200 руб. золотом. Никольская кафедра как религиозное объединение решением суда была объявлена ликвидированной. Иерофей подал кассационную жалобу на приговор суда в Северо-Двинский губернский суд. 25 февраля 1925 г. губернский суд признал, что «в действиях, приписываемых обвиняемому Афонину, нет состава уголовно наказуемого деяния», и расценил решение Народного суда о ликвидации епархиального управления как «несоблюдение декрета об отделении церкви от Государства». Приговор народного суда был отменён, и уголовное дело за отсутствием состава преступления прекращено.