Однако 1 апреля того же года Северо-Двинский губотдел ОГПУ принял решение возобновить следствие «на предмет установления самовольного управления епископом Иерофеем епархией без регистрации своего управления в соответствующих органах гражданской власти». У него был произведён обыск, и 17 апреля Иерофей был вызван к уполномоченному ОГПУ Рыкову. На допросе Иерофей заявил: «...Епархией как таковой не управляю..., канцелярии при мне как таковой не имеется..., мои административные функции в управлении епархией выражаются лишь только в рукоположениях». Однако Иерофей не стал скрывать, что к нему, «как к епископу, приходили по церковным делам не только из Никольского уезда, но приходили и из других уездов». При предъявлении обвинения Иерофей записал в протоколе: «Виновным себя в присвоении административных публично-правовых функций и прав юридического лица по управлению епархией, а также присвоении должностного лица – не признаю, т.к. церковь от государства отделена – и писание мной благочинным округов предписаний церковного характера считаю правильным». У Иерофея была взята подписка о невыезде. В июне 1925 г. Северо-Двинский губотдел ОГПУ направил в Москву доклад об «антисоветской деятельности» Иерофея. 19 августа того же года Секретный отдел ОГПУ поручил Северо-Двинскому губотделу собрать на епископа компрометирующий материал и передать дело в Москву «вместе с личностью» для последующей административной высылки. 1 сентября Иерофей был вызван из Никольска в Великий Устюг и арестован в здании губотдела ОГПУ. 14 сентября был доставлен в Москву и помещён в Бутырскую тюрьму. Иерофей находился в одной камере с уголовниками, которые вначале издевались над ним, но затем стали хорошо к нему относиться, некоторые даже делились своими передачами. Верующие Никольска и окрестных сёл обращались во ВЦИК с несколькими ходатайствами об освобождении Иерофея и о его возвращении на кафедру. С ходатайством, подписанным 2 тыс. прихожан, ездили в Москву делегаты от общины никольского Сретенского собора. Одновременно следствие признало, что в сфабрикованном в Великом Устюге деле «не имеется тяжёлых улик против обвиняемого». 21 ноября 1925 г. Коллегия ОГПУ приняла решение об изменении в отношении Иерофея меры пресечения: с него взяли подписку о невыезде из Москвы (подписка была отменена только с прекращением следственного дела 31 января 1928 г.). Тем не менее, уже в начале 1926 г. Иерофей вернулся в Никольск. В Крещенский сочельник при встрече с паствой в Казанском храме он сказал: «Стены тюрьмы были мне храмом Божьим… Я и там возносил свои горячие молитвы о вас ко Господу». С 1926 г. в связи с арестом и высылкой Великоустюжского епископа Иринарха (Синеокова-Андреевского) Иерофей вновь временно управлял Великоустюжской епархией, пребывая, главным образом, в Никольске. Он продолжал защищать православие, собирать народ вокруг церкви. Весной 1927 г. его часто вызывали на допросы, распространились слухи о его высылке. В пятницу Светлой седмицы, 29 апреля, отслужив на праздник иконы Божьей Матери «Живоносный Источник» литургию в кладбищенской Покровской церкви Никольска, Иерофей объявил пастве, что вынужден её оставить, т.к. его вызывают в Великий Устюг в губотдел ОГПУ.