11 апреля вышло постановление митрополита Сергия и Временного Священного Синода по «делу о нестроениях в Ленинградской, Ярославской, Воткинской и Воронежской епархиях». Было указано предать Иерофея каноническому суду православных архиереев с запрещением в священнослужении впредь до раскаяния или до решения дела судом архиереев. ОГПУ регулярно вызывало Иерофея на допросы, угрожая арестом в случае активной религиозной деятельности. В конце Великого поста 1928 г. около 3 тыс. верующих больше недели постоянно охраняли Иерофея в Казанском храме. 10 апреля 1928 г. он был задержан, но прихожанам удалось его освободить. Среди верующих начались волнения, они заявляли властям, что не допустят удаления своего владыки из Никольска. После этого уполномоченный ОГПУ взял у Иерофея подписку о явке 18 апреля в Великий Устюг. Однако Иерофей принял решение не ехать в Великий Устюг, где его ждал неминуемый арест, а отправиться по сельским приходам под защиту крестьян. В проповедях он обосновывал свои действия ссылкой на декрет об отделении церкви от государства, продолжая утверждать, что власть не должна вмешиваться во внутрицерковные дела, а советское законодательство он соблюдает. 15 апреля на пасхальном богослужении в Казанском храме Никольска Иерофей пригласил верующих прийти 4–6 мая помолиться в Георгиевский храм села Дёмина (ныне Никольского района Вологодской области), где он намеревался служить на праздник Георгия Победоносца. Вскоре после Пасхи Иерофей выехал из Никольска, 27 апреля прибыл в деревню Путилово. Он ходил со славой по домам Путилова и окрестных деревень Каино, Княжево и др., вёл беседы с крестьянами. В воскресенье 29 апреля Иерофей совершил последнее богослужение в часовне деревни Путилово с участием почти 150 человек. Настроение у преосвященного было тревожно-приподнятое, он предчувствовал приближение испытаний и сказал об этом в проповеди после литургии, ещё раз изложив своё видение взаимоотношений церкви и государства: «Меня власть терзает, во всём преследует, просят, чтобы я был лоялен, но лояльности, по-моему, достаточно и так.... Душевной лояльности они от меня не получат». В понедельник утром 30 апреля Иерофей приехал в деревню Вырыпаево, а 1 и 2 мая ходил со славой в деревню Вострово, в пяти верстах к югу от Путилова. 2 мая рано утром в Путилово прибыл начальник милиции Никольского района Баданин. Узнав о местонахождении архиерея, он проехал в Вострово, арестовал его и собирался везти через Путилово в Никольск. К избе с арестованным подошли крестьяне, посыльные побежали в соседние селения оповестить о случившемся. Начальнику милиции с трудом удалось выехать из Вострова в сопровождении народа. В версте от Путилова процессию встретила толпа крестьян из других деревень. При въезде в Путилово раздался колокольный звон на часовне, услышав его, жители деревни вышли из домов, собралось более 500 человек. Народ остановил лошадей, оттеснил милицию, забрал Иерофея и на руках перенёс в один из домов, который тут же был окружён верующими, отказавшимися выдать архиерея. Начальник милиции и сопровождавшие его были вынуждены уехать. Однако люди не стали расходиться, охраняли Иерофея днём и ночью. Женщины молились, пели духовные песни. Как говорили прихожане, опасались, что «владыку от нас увезут, умертвят и больше нам его не видать».