Последовала бурная реакция прихожан, которые кричали, что не отпустят владыку и сумеют его защитить. Затем верующие (почти 300 человек) направились к зданию канцелярии уполномоченного ОГПУ по Никольскому району с требованием прекратить притеснения архиерея. Чтобы пресечь начинающиеся волнения, уполномоченный ОГПУ пришёл вместе с народом в собор и заверил собравшихся, что «никто Иерофея не задевает и никуда его не вышлют». Уполномоченный ОГПУ Соснин, в прошлом послушник Коряжемского Николаевского монастыря Вологодской епархии, зная о намерении властей арестовать Иерофея, посоветовал ему выехать на какое-то время в отдалённый район губернии и не являться по вызову в Великий Устюг. Той же ночью владыка покинул город и в течение полугода скрывался от властей в деревнях на территории Кумбисерского сельсовета Никольского района (в 15 км от Никольска). Уполномоченный ОГПУ, знавший о местопребывании архиерея, информировал губотдел ОГПУ, что епископ скрывается неизвестно где, и демонстративно занимался его «розыском». Крестьяне организовали массовый сбор подписей под обращениями к власти «об оставлении Иерофея в Никольске», с которыми несколько раз ездили в Москву. Между тем Иерофей продолжал управлять церковными делами: принимал особо доверенных лиц, проводил тайные богослужения, совершал рукоположения и монашеские постриги. В сентябре 1927 г. Иерофей разослал по епархии текст «Декларации» Заместителя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского). Его отношение к «Декларации» было крайне негативным. По некоторым данным, Иерофей обратился к митрополиту Сергию с письмом, убеждая его отказаться от компромисса с властями, после чего был уволен на покой. Иерофею было позволено «служение только в одном храме и известном месте исключительно для себя». В октябре 1927 г. верующие привезли из Москвы документы, разрешающие Иерофею служение в Казанской церкви Никольска. Некоторое время он не мог чётко определиться в отношении к деятельности митрополита Сергия, однако позиция части духовенства и мирян Великоустюжской епархии, не согласных с политикой Заместителя Патриаршего Местоблюстителя, укрепила Иерофея в решимости противостоять действиям митрополита Сергия. 4 ноября 1927 г. Иерофей вернулся в Никольск. Он продолжал управлять Никольским викариатством, ездил по епархии и открыто заявлял в проповедях и беседах с верующими о том, что не приемлет деятельность митрополита Сергия, направленную на компромисс с советской властью, оценивает его политику как своего рода новое обновленчество. Иерофей установил связь с другими оппозиционными митрополиту Сергию архиереями, неоднократно направлял с поручениями людей к Ярославскому митрополиту Агафангелу (Преображенскому) и бывшему Ленинградскому митрополиту Иосифу (Петровых). Деятельность Иерофея привела к нестроениям в Великоустюжской епархии. В поддержку митрополита Сергия высказались в конце ноября 1927 г. члены Сретенского собора Никольска, что вызвало отделение новой общины кладбищенской Покровской церкви. Не согласное с позицией Иерофея духовенство обращалось с жалобами на его действия к митрополиту Сергию, а также к находившемуся в ссылке Великоустюжскому епископу Иринарху.