В декабре 1927 г. митрополит Сергий и Временный Священный Синод издали указ о назначении на Великоустюжскую кафедру епископа Софрония (Арефьева). Прибыв в Великий Устюг, епископ Софроний убеждал духовенство подчиниться митрополиту Сергию, поминать его имя за богослужением. В начале 1928 г. Иерофей совершил поездку в Ленинград, где встречался с одним из руководителей иосифлянства – бывшим Гдовским епископом Димитрием (Любимовым). 23 января Иерофей заявил епископу Софронию, что никольская паства и духовенство, кроме соборного причта, отложились от митрополита Сергия. Одновременно Иерофей сообщил митрополиту Иосифу, что канонически присоединяет к его группе духовенство и мирян Великоустюжской епархии, утверждая, что делает это по благословению епископа Иринарха, законным заместителем которого он якобы является. 25 января была получена телеграмма с ответом митрополита Иосифа: «Управляйтесь самостоятельно. Наше оправдание: верность митрополиту Петру. Иосиф». В тот же день Иерофей составил послание причту и мирянам Великоустюжской епархии об отделении от митрополита Сергия, которое было разослано по приходам епархии. Разъясняя причины отхода от Заместителя Патриаршего Местоблюстителя, Иерофей обвинял митрополита Сергия в том, что под предлогом спасения церкви он избрал «кривой путь» соглашений и уступок и «оставил прямой, но скорбный путь креста, то есть терпения и твёрдости», связал церковь с гражданской властью, внёс «политический уклон в церковную жизнь», а также в том, что против своих оппонентов Заместитель Местоблюстителя «пользуется даже не церковной силой». В свою очередь, митрополит Сергий считал Иерофея одним из самых радикальных «вождей» иосифлянства, объявлявших возглавляемую Заместителем Местоблюстителя церковь неблагодатной и еретической. Действительно, Иерофей выступал с резкими обвинениями в адрес своих противников, называл сторонников митрополита Сергия «коммунистами в рясах», еретиками, «обновленцами»; проповедовал, что «если кто от них (сергиевцев) будет крещён, всё равно будет, что выкупались в простой воде, кто если будет причащён, Телом и Кровью, тот примет не причастие, а просто хлеб и вино». Противостояние в Никольском викариатстве приобрело крайние формы, когда епископ Софроний решил посетить Никольск и совершить на Прощёное воскресенье вечернее богослужение в Сретенском соборе. Узнав о прибытии архиерея, больше сотни прихожан Казанского храма ворвались в Сретенский собор и препятствовали богослужению; всячески оскорбляли епископа Софрония, пытались стащить с кафедры и избить. Архиерея защитили прихожане собора и вызванная милиция. 10 февраля 1928 г. Заместитель Патриаршего Местоблюстителя и Временный Священный Синод приняли постановление «О раздорнической деятельности митрополита Одесского Иосифа и епископа бывшего Никольского Иерофея». Иерофей был запрещён в священнослужении, однако он не подчинился запрещению и продолжил управление Никольским викариатством и многими приходами Великоустюжской епархии, где его поминали как правящего архиерея. 29 марта Заместитель Патриаршего Местоблюстителя и Временный Священный Патриарший Синод издали деяние, в котором извещали о появлении «новой смуты» в лице отделившихся от митрополита Сергия архиереев. В их числе был назван Иерофей.