Такую практику унаследовала и московская великокняжеская власть, раздававшая эти земли в поместья, хотя собственность монастыря Иоанна Богослова на эти земли признавалась. В описании 1553 г. они фигурируют как монастырские, указаны и размеры оброка, который выплачивали помещики. При описании Рязанского уезда в 1568/1569 г. эти земли были отобраны у монастыря Иоанна Богослова и стали обыкновенными поместьями. Впоследствии из этих владений монастырю удалось вернуть лишь село Глинище. Описание 1572/1573 г. характеризует перемены в хозяйственном положении владений обители после очередного разорения татарами Рязанской земли. Так, вокруг села Тепловодья сохранились все поселения, при этом деревня Выползово стала селом с двумя храмами. В трёх из шести поселений отмечены дворы монастырских слуг, что свидетельствует о хозяйственном использовании обителью своих владений. К 1573 г. были освоены и пустоши, и селища, разорённые татарами к 1553 г. Так, пустошь Плахино стала сельцом, в котором было три двора монастырских слуг и 23 крестьянских двора. Всего к началу 1570 гг. было четыре двора монастырских слуг, 103 крестьянских двора; 18 дворов сожгли татары. Кроме того, в описании 1572/1573 г. фигурируют десять деревень и два починка, в которых находилось четыре двора монастырских слуг и 96 крестьянских дворов; 27 дворов сожгли татары. О страшном разорении свидетельствует описание 1574/1575 г., когда во всех владениях обители в Окологородном стане насчитывалось восемь дворов монастырских слуг, 69 крестьянских дворов, 148 пустых дворов и 79 «мест дворовых, а дворы пожгли татарове». До середиын XVII в. все постройки монастыря Иоанна Богослова, в том числе и шатровая соборная церковь, были деревянными. В 1652 г. артель московского «каменных дел подмастерья» Юрия Корнильева Ершова (строителя архиерейских палат в Рязанском кремле) возвела близ южной стены ограды каменную Успенскую церковь с трапезной на подклете, окружённую галереей-папертью на столбах, и с каменной же лестницей. Ю.К. Ершов пожертвовал в храм напрестольное Евангелие и сребропозлащенные сосуды. В 1650 гг., при игумене Авраамии, та же артель построила каменную ограду со св. воротами. Семиугольная в плане ограда имела четыре двухэтажные восьмигранные башни и с северной стороны – св. ворота. Очевидно, артель Ю.К. Ершова возвела и шатровую трёхъярусную колокольню, входящую в систему восточной стены. Нижняя часть колокольни – это двухъярусный четверик, оформленный широкими лопатками и простыми кирпичными тягами карнизов; первый его ярус имеет одинаковую с оградой высоту. На четверике стоит массивный, приземистых пропорций восьмерик со столбами, увенчанный широким шатром и небольшой главкой с крестом. Сначала шатёр был покрыт зелёной глазурованной черепицей, в XIX в. её заменили белой жестью.