С южной стороны монастыря Иоанна Богослова построено здание настоятельских покоев с домовым храмом в честь иконы Божьей Матери «Знамение», во имя архангела Гавриила и великомученицы Варвары. Отстроен новый братский корпус с домовым храмом во имя св. князей Бориса и Глеба. Восстановлен также келейный корпус, на нижнем этаже которого устроена трапезная для братии. В доме, где размещались покои архимандрита Авеля (Македонова), открыт мемориальный музей архимандрита. Останки почитаемых настоятелей архимандритов Виталия, Тихона, Зосимы, обретённые по инициативе архимандрита Авеля, покоятся в нижнем храме во имя Серафима Саровского и Иувеналия Рязанского, под алтарём Богословского собора. Здесь же, между северной стеной храма и левой частью алтаря, погребён и архимандрит Авель. За алтарём Иоанно-Богословского собора похоронены несколько насельников, за алтарём Успенского собора – почитаемые подвижницы схимница Мария (Грицык; ум. 5 марта 1994 г.), схимница Анастасия (Короткова; ум. 1 октября 1999 г.) и др. К началу 2010 г. в монастыре Иоанна Богослова проживало около 20 человек братии, а также около 30 трудников за оградой в двух гостиницах. Насельники ведут обширную просветительную деятельность, преподают богословские дисциплины на теологическом факультете Рязанского государственного университета и в семинарии, читают курс «Основы православной культуры» в Рязанской академии управления и права, окормляют заключённых в мужской колонии, расположенной под Рязанью. Обитель имеет подворье в городе Рязани – Николо-Ямской храм (конец XVIII в.) с часовней в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник». Среди чтимых святынь этого храма – мощи Любови Рязанской, крест с частицей древа Креста Господня, список чудотворного образа Божьей Матери «Знамение-Корчемная», икона Николая Чудотворца с частицей мощей, икона Луки (Войно-Ясенецкого) с частицей мощей. Николо-Ямская церковь является культурно-миссионерским центром епархии. При храме есть аудитории, в которых идут лекции и семинары для студентов отделения теологии Рязанского государственного университета, открыта епархиальная публичная библиотека, действуют духовный центр «Возрождение», православно-патриотическая организация «Православные витязи», центр социального служения «Милосердие». Совместно с Рязанским государственным университетом и Рязанским институтом развития образования монастырь Иоанна Богослова является учредителем Экспериментального центра православной педагогики имени протоиерея Афанасия Арбекова. В 1996 г. Рязанское епархиальное управление и монастырь Иоанна Богослова стали учредителями Рязанской православной гимназии во имя Василия Рязанского.