За несколько дней до смерти Иоасаф II составил Прощальную грамоту. При кончине патриарха присутствовали его ближайшие сотрудники, среди которых были будущие русские первосвятители – Новгородский митрополит Питирим и архимандрит Чудова в честь чуда архангела Михаила в Хонех монастыря Иоаким. 18 февраля 1672 г. Иоасаф II был погребён в Успенском соборе Кремля. Изображение Иоасафа II есть в Царском Титулярнике 1672 г. (Российский государственный архив древних актов), а также в его копиях начала 1670 гг. – начала XVIII в. (Российская национальная библиотек, Исторический музей). Иоасаф II представлен по пояс, вполоборота вправо, в белом квадратном клобуке с крестом и в мантии с истоками, на груди – панагия с крестом. В отличие от других патриархов, облик которых передан условно, внешность Иоасафа II индивидуализирована – это сутулый старец с характерными чертами лица, из-под клобука видны короткие седые кудри, борода слегка раздвоенная, короткая. По мнению исследователей, это изображение является прижизненным портретом Иоасафа II, либо оно было создано сразу после его смерти и имеет сходство с прототипом. В ростовском Спасо-Яковлевском монастыре находился портрет Иоасафа II конца XVIII – середины XIX в. (до 1966 г. хранился в музее-заповеднике «Ростовский кремль»). Цикл портретов русских патриархов 1960–1970 гг., в основу которых положены миниатюры из Титулярника, содержит изображение Иоасафа II (Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии). Овальный портрет Иоасафа II включён в декор патриарших (митрополичьих) покоев Троице-Сергиевой лавры (1950 (?) гг.). В серии портретов русских патриархов Виктора Викторовича Шилова, созданных в академической манере (после 1996 г., Патриаршая резиденция в Чистом переулке в Москве), Иоасаф II показан оплечно, в патриаршем куколе. Изображение Иоасафа II включено в серию медалей с изображениями 15 русских патриархов, изданную небольшим тиражом к 10-летию интронизации патриарха Алексия II (Церковно-археологический музей Санкт-Петербургской духовной академии и др.), а также в серию современных серебряных плакеток «Патриархи Московские и всея Руси». В собрании музеев Московского Кремля находится шитый саккос, согласно описям Патриаршей ризницы, принадлежавший Иоасафу II, с изображениями Спаса Великого Архиерея, святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста (1667–1668 гг., мастерская царицы Марии Ильиничны).