В 1667 г. по благословению Иоасафа II Суздальский архиепископ Стефан с комиссией свидетельствовал чудотворения от Шуйской Смоленской иконы Божьей Матери, находившейся в Воскресенском соборе Шуи. Образ был признан чудотворным. На Соборе в 1667 г. руководителем Московского Печатного двора был поставлен Сарский и Подонский митрополит Павел. В 1660 гг., по мнению исследователей, в связи с распространением старообрядчества, упал спрос на продукцию Печатного двора, она впервые стала убыточной. 21 августа 1667 г. в работу типографии были внесены серьёзные изменения. В её штате оставили лучших мастеров, которые работали на четырёх станах «крупною азбукою». Остальных вывели за штат без сохранения жалованья, они могли работать на станах «мелкой азбуки», предназначенных для тиражирования ходовых малоформатных книг. Одним из результатов реорганизации Печатного двора стало возобновление издания певческих книг. В 1668 г. по благословению Иоасафа II царь повелел митрополиту Павлу собрать мастеров певческого дела, которым предстояло продолжить работу распущенной после 1654 г. комиссии по исправлению «раздельноречных» певческих книг. Новая комиссия приступила к работе в 1669 г. Итогом её деятельности стали исправление и подготовка к изданию певческих книг и написание трактата «Извещение… требующим учитися пения» (1670 гг.; см. в ст. Григорий Нос). В целом работа Печатного двора при Иоасафе II была успешной. Первой книгой, которая вышла по решению Большого Московского Собора и имела благословение Иоасафа II, был «Жезл правления» Симеона Полоцкого, направленный против старообрядцев. Позднее издавались Поучения Ефрема Сирина (1667 г.), Евангелие (1668 г.), Чиновник архиерейского служения (1668 г.), Последование освящения антиминса (1668 г.), Триодь цветная (1670 г.), Поучение святительское к новопоставленному иерею (1670 г.), Апостол (1671 г.), Требник (1671 г.) и др. В патриаршество Иоасафа II было принято решение по вопросу о необходимости повысить качество работы иконописцев. Иосиф Владимиров в «Послании» Симону Ушакову (1656–1657 или начало 1660 гг.) призывал запретить заниматься иконописанием неискусным мастерам, которые «малюют плошье». Иосиф Владимиров писал о приоритете художественного начала в иконописи, защищал «живоподобное» письмо и положительно отзывался о мастерстве европейских художников. Его сочинение было использовано в «Записке», которую Симеон Полоцкий подготовил для Большого Московского Собора.