В 1669 г. русский первосвятитель писал Константинопольскому патриарху Мефодию III с просьбой об оказании помощи возвращавшемуся из Москвы патриарху Паисию. Иоасаф II переписывался с патриархом Макарием III после его отъезда из русской столицы. В грамоте 1669 г. Иоасаф II просил Иерусалимского патриарха Нектария о восстановлении в архиерейском сане активно участвовавшего в суде над Никоном Паисия Лигарида. Годы патриаршества Иоасафа II были трудными для России. В 1668–1669 гг. казаки Левобережной Украины выступили против российских властей. Имя Иоасафа II упоминается в Глуховском договоре от 6 марта 1669 г., положившем конец восстанию, среди тех, кто просили царя Алексея Михайловича простить восставших. Сразу после замирения Украины вспыхнуло восстание Степана Тимофеевича Разина. Патриарх рассылал грамоты, направленные против восставших. 12 апреля 1671 г. состоялся Собор, на котором С.Т. Разин вместе с его сторонниками был отлучён от церкви. Судя по всему, на Соборе также разбирался вопрос о насельниках Желтоводского монастыря, с оружием в руках участвовавших в отражении нападения разинцев: грамота Иоасафа II, которой священнослужителям Желтоводского монастыря разрешалось совершать богослужение, а монахи допускались к причастию, также датирована 12 апреля 1671 г. В «Сказке» о С.Т. Разине царь Алексей Михайлович связывает окончательную победу над восставшими с принятыми Иоасафом II мерами: С.Т. Разин был схвачен 14 апреля, через день после отлучения его от церкви. Иоасаф II молитвенно участвовал во всех значительных событиях в царской семье. 28 февраля 1669 г. он присутствовал на похоронах царевны Евдокии Алексеевны, 4 марта отпевал царицу Марию Ильиничну. На Рождество в 1669 и 1670 гг. Иоасаф II приходил к царю «славить» Христа. 17 января 1670 г. отпевал царевича Алексея Алексеевича. 6 апреля 1670 г., на Светлой неделе, патриарх посетил Алексея Михайловича. В январе 1671 г., решив повторно вступить в брак, Алексей Михайлович приходил к патриарху с просьбой благословить супружество. Иоасаф II «к сочетанию святого супружества благословил и говорил речь», которая воспроизведена в «Чиновнике» свадьбы Алексея Михайловича с Наталией Кирилловной Нарышкиной (Российский государственный архив древних актов). 7 февраля 1671 г. патриарх был с подарками у царя и молодой царицы, 28 апреля, на Светлой неделе, Иоасаф II был у царя и царицы с «золотыми». В 1671 г. на праздник Успения Пресвятой Богородицы Алексей Михайлович присутствовал на праздничной трапезе у патриарха. 25 ноября 1671 г. боярин князь Яков Никитич Одоевский, один из влиятельных членов Боярской думы, свидетельствовал у патриарха духовную своей матери.