Изготовивших эти просфоры просфорниц митрополит указал выслать в тихвинский в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы женский монастырь и держать там в цепях. Борьбой с распространением старообрядчества обусловлено разосланное по епархиям распоряжение Иоасафа II от 25 марта 1668 г. Данной грамотой запрещалось священникам, дьяконам и монахам переходить без благословения архиерея из монастыря в монастырь, архиереям возбранялось принимать клириков без отпускных грамот. Было также запрещено совершать постриги вне монастырей, иноки должны были иметь духовного отца в своей обители, духовенству не позволялось жить у мирских людей. Указ был направлен против монахов – сторонников «старых обрядов», которые, покидая новообрядные монастыри, скрывались у сочувствовавших «старой вере» мирян (одним из крупных центров старообрядчества был московский дом боярыни Феодосии Прокофьевны Морозовой, которая была тайно пострижена в монашество в нарушение указа патриарха, по мнению исследователей, в апреле 1670 г.). В 1667 г. патриархи Паисий, Макарий III и Иоасаф II за заслуги в борьбе против старообрядчества дали Рязанскому архиепископу Илариону грамоту, по которой он и все его преемники на Рязанской кафедре имели право служить в саккосе и носить белый клобук. 13 июня 1669 г. «за подвиг против раскольников» Иларион был возведён в сан митрополита. В годы патриаршества Иоасафа II гражданская власть активно боролась с расколом. 8 февраля 1670 г. был арестован один из видных деятелей московской старообрядческой общины инок Авраамий, у которого отобрали при обыске письма Аввакума Петрова и другие «возмутительные бумаги». Авраамия сожгли весной 1672 г., вскоре после смерти Иоасафа II. В марте 1670 г. на Мезени были повешены ученики Аввакума Петрова Фёдор Юродивый и Лука Лаврентьевич. 14 апреля того же года «пустозерским сидельцам» Лазарю, Фёдору Иванову и Епифанию отрубили правые руки и вторично отрезали языки. 16 ноября 1671 г. были взяты под стражу, затем подвергнуты пыткам Ф.П. Морозова и княгиня Евдокия Прокофьевна Урусов. Московский Собор постановил увеличить число епархий в Русской церкви. Была восстановлена Коломенская епархия, учреждена Белгородская и Обоянская кафедра, на которую 17 мая 1667 г. Иоасаф II поставил сербского митрополита Феодосия. Однако другие действия в этом направлении предприняты не были, поскольку данное решение натолкнулось на сопротивление архиереев, протестовавших против уменьшения территорий епархий. В марте 1667 г. с целью упорядочения материального обеспечения Псковской кафедры Иоасаф II повелел Псковскому архиепископу обложить данью приходские церкви по примеру Патриаршей области.