При Иоасафе II в сан митрополита были возведены Астраханский архиепископ Иосиф (грамотой восточных патриархов), которому было предоставлены третье место среди архиереев и право служения в саккосе, и Тобольский архиепископ Корнилий, Тобольская епархия была поставлена на четвёртое место в иерархии Русской церкви. Большой Московский Собор принял решение об упразднении Монастырского приказа и об отмене подсудности духовенства светским чиновникам. Выполнение данного решения растянулось на долгие годы, но уже в патриаршество Иоасафа II многое удалось изменить. 28 мая 1667 г. Собор во главе с Иоасафом II постановил «весь церковный и монашеский чин» судить в патриаршем Разрядном приказе. В 1668 г. для организации такого суда в Патриаршей области был создан патриарший Духовный приказ, соответствующие органы появились и в других епархиях. 10 декабря 1670 г. Иоасаф II издал грамоту о своей юрисдикции над духовными и мирскими людьми в Патриаршей области по всем делам, кроме уголовных (воровства, разбоя и убийств). 28 января 1672 г. данный указ был дополнен: все судебные дела духовных и мирских людей из Патриаршей области с людьми, подведомственными другим приказам, были собраны в одном приказе – Поместном, что защищало патриарших людей от судебной волокиты. В постановлении Собора от 28 мая 1667 г. был определён круг дел, по которым духовные власти должны были судить мирян: дела, связанные с семейными отношениями, с нравственностью, с церковной жизнью, с поставлением в сан зависимых от светских землевладельцев крестьян. Упрочение церковной юрисдикции натолкнулось на сопротивление воевод. Не только Алексею Михайловичу, но и его преемникам приходилось посылать воеводам указы о невмешательстве в юрисдикцию церкви со ссылками на постановления Большого Московского Собора. В духе решений Большого Московского Собора, повелевшего совершать канонизацию святых только по решению архиерейского Собора при наличии «достоверных свидетельств», в патриаршество Иоасафа II стало нормой строгое отношение к освидетельствованию мощей и чудес. В 1669 г. игумен Вологодского в честь Сошествия Святого Духа на апостолов монастыря (Галактионовой Знаменской пустыни) Сергий просил благословение патриарха на освидетельствование мощей Галактиона (Бельского) и пение ему молебнов. Разрешение, судя по всему, не было дано, поскольку в 1673 г., после смерти Иоасафа II, монастырские власти обратились к патриарху Питириму за повторным разрешением.