Хранящийся в монастыре Иоанна Богослова энколпион с центральной поздневизантийской вставкой – овальным аметистом с резным образом стоящего благословляющего Христа – был обрамлён в Москве в начале XVIII в. драгоценными камнями с лицевой стороны и расписной финифтью – с оборотной. В монастыре Иоанна Богослова хранятся части честных глав апостола Фомы и апостола Филиппа из числа семи диаконов, цепи апостола Иоанна Богослова, глава священномученика Антипы, три креста с частицами Честного Древа, частицы мощей св. бессребреника Космы, великомучеников Феодора Стратилата, Пантелеимона, Иакова Персянина, преподобномученика Стефана Нового, обувь преподобного Христодула и другие реликвии. Глава апостола Фомы считается даром императора Алексея I. Мощи апостола Филиппа, великомученика Иакова Персянина и преподобномученика Стефана Нового упоминаются в монастырской инвентарной описи 1201 г. В монастырь Иоанна Богослова были перенесены мощи преподобномученика Пахомия Русского (память в Греческой церкви 21 мая), пострадавшего в Ушаке (современная Турция) в 1730 г. (часть их была передана монастырём Иоанна Богослова в афонские монастырь преподобного Павла и скит Новая Фиваида). Собор Патмосских святыхпразднование которому было установлено в 2005 г., совершается с 2006 г. в следующее воскресенье после праздника Всех святых. В этот день празднуется память как общеправославных и чествуемых Греческими церквами святых, так и местных подвижников, связанных с Патмосом. Есть и такие святые, которые помимо памяти в Соборе Патмосских святых чествуются и в другие дни: апостол Иоанн Богослов (память 26 сентября и 8 мая) и его ученик апостол от 70 Прохор (память 28 июля), преподобный Христодул (память в Греческой церкви 16 марта и 21 октября), Иерусалимский патриарх Леонтий II (память в Греческой церкви 14 мая совершается в Иерусалиме и на Патмосе), пять Липсийских преподобномучеников (первое воскресенье после 10 июля), Макарий Патмосский (память в Греческой церкви 19 января, мощи хранятся в пещере Апокалипсиса), Герасим Византийский (память в Греческой церкви 7 апреля совершается на Крите и на Патмосе), Коринфский митрополит Макарий Нотара (память в Греческой церкви 17 апреля), Константинопольский патриарх Григорий V (память в Греческой церкви 10 апреля), священномученик Платон Новый (Айвазидис; память в Греческой церкви 21 сентября), преподобный Савва Калимносский (память в Греческой церкви 5 декабря и 7 апреля).