Из работ известных художников XVI–XVII вв. в музее-ризнице монастыря Иоанна Богослова находится триптих с изображением Спаса на престоле и со сценами двунадесятых праздников (около 1596 г.) Георгия Клодзаса, «Деисус, с предстоящими св. Параскевой и апостолом Андреем Первозванным» (около 1600 г.) иерея Иоанна Апакаса, «Мученики Евстратий, Мардарий, Орест, Евгений и Авксентий» и «Преподобный Онуфрий, со сценами жития» (1650–1670 гг.) иерея Еммануила Скордилиса, «О Тебе радуется» (1670–1690 гг.) Теодороса Пулакиса. Из других произведений XVI в. исследователи отмечают иконы «Преподобный Иоанн Отшельник, со сценами жития» (первое десятилетие XVI в.), «Апокалипсис» из двери старой, или «внутренней», ризницы кафоликона (дар Никифора Хартофилакса, копия 1626 г. иконы Фомы Вафаса, около 1596 г., из пещеры Апокалипсиса), «Сорок Севастийских мучеников» (XVI в.), «Рождество Христово» (середина XVI в.), «Святая Параскева» (XVI в.), «Архангел Михаил» (середина XVI в.). Из числа новых поступлений исследователи считают примечательной икону Божьей Матери «Отрада и Утешение» («Парамифия»; 1474 г.) итало-критской школы – дар М. Валви-Куцанеллу. Произведения местных патмосских художников появляются с начала XVII в.: мастера Стаматис Хиос и Теодорос следуют традициям критской школы, значительно упрощая их. Из более поздних икон особо почитается «Нерукотворный образ Спасителя» (конец XVIII – начало XIX вв.), с которой в 1925 г. произошло чудо. Икона принадлежала И. Кундури, муж которой уехал в Северную Америку, оставив её с двумя детьми на произвол судьбы. Чтобы прокормить семью, она решила продать икону коллекционеру. Когда дети пришли в последний раз помолиться Спасителю – попрощаться с иконой, образ Христа начал слезоточить. Поток слёз был очень сильным, весть об этом чуде облетела весь остров. Супруг И. Кундури раскаялся и оказал семье материальную помощь. Икона была перенесена в исихастирий Святая Святых и затем в музей-ризницу монастыря Иоанна Богослова. В собрании монастыря Иоанна Богослова есть и русские иконы, например, образ Божьей Матери «Казанская» (XVII в.) в серебряном окладе с венцом (украшенным бирюзой, янтарём и горным хрусталём) и цатой. Омофор вышит жемчугом. Прикреплённый к окладу каменный крест, окованный серебром и украшенный кораллами и драгоценными камнями, – пожертвование кого-то из верующих; он древнее иконы и датируется XVI в. Помимо музея-ризницы иконы критской школы находятся в парекклисионе Николая Чудотворца («Святой Иоанн Предтеча», 1480–1500 гг.) и в резиденции игумена («Сретение», конец XV в.). Многие иконы критской школы хранятся в других монастырях и храмах Патмоса.