В музее-ризнице хранятся дары российских императора Петра I (золотые медали) и императрицы Екатерины II (золотой наперсный крест-мощевик XVI в., с рубинами, бирюзой, жемчугом и другими драгоценными камнями, и золотые медали); валашского господаря Михаила Суцу (серебряные лампады (1785 г.), посвящённые священномученику Антипе, глава которого хранится в монастыре Иоанна Богослова, и др.); Константинопольского патриарха Неофита VI (кованная из серебра митра Константинопольского патриарха Киприана (1708/1709 и 1713/1714 гг.; позолота, скань, эмаль, бриллианты, изумруды, горный хрусталь, рубины (?), жемчуг), жезл Константинопольского патриарха Дионисия IV (мастер Михаил Франдзис, 1667 г.), украшенный золотом, голубой эмалью и 62 алмазами; собственные патриаршие саккос, стихарь, палица и поручи; середина XVIII в.); Герасима, митрополита Фиванского (ум. в 1772 г.; впоследствии митрополит Патрский, в 1761 г. ушёл на покой в монастырь Иоанна Богослова; палица с вышитым образом Новозаветной Троицы и поручи со сценой «Благовещение» (работы золотошвейки Евсевии, Константинополь, 1734 г.), омофор с изображением «Распятия» и четырёх евангелистов (золотошвейка Мариора, Константинополь, 1746 г.) и жезл (1733 г.) из литого серебра с позолотой, украшенный сканью, финифтью, слоновой костью, перламутром и черепашьим панцирем), а также других иерархов – митрополита Мирликийского Иакова, митрополита Лаодикийского Никифора Хартофилакса, митрополита Севастийского Даниила, митрополита Сардского Нектария, митрополита Дидимотихского Григория, Афинагора (Коккинакиса), митрополита Фиатирского и Великобританского; вклады других клириков и мирян: десять даров иеромонаха Иакова Патмосского, в том числе, воздух со сценой «Положение во гроб» (работы златошвейки Мариоры, Константинополь, 1753 г.), серебряный позолоченный потир (Смирна, 1756 г.), ковчег для ладана в форме готического храма (серебро с позолотой, 1757 г., венецианская подставка XVI в.), кадильница в форме храма (Смирна, около 1760 г.). Значительное число серебряной утвари, хранящейся в монастыре Иоанна Богослова, западного (главным образом, итальянского) происхождения: процессионный крест (конец XV в.) с изображением «Распятия» на одной стороне и композиции «Богоматерь Оранта» – на другой, кадило (XIV–XV вв.) с готическими элементами декора, серебряный с позолотой энколпион с образом Христа (XV в.).