Архивные материалы на западноевропейских языках (из них 68 на латыни) исследователи делят на две категории: привилегии, дарованные монастырю Римскими папами и католическими правителями (около 70 документов XV–XVIII вв.), и акты, относящиеся к подворью монастыря Иоанна Богослова Стилос на Крите (около 700 документов XIII–XIX вв.). Забота о Патмосе была вызвана не только религиозными мотивами, но и тем, что монахи монастыря Иоанна Богослова уведомляли венецианских правителей Крита и Наксоса о передвижениях турок в регионе. Так, энциклика Венецианского патриарха Лодовико Скарампа (1457 г.) грозила отлучением от церкви тем, кто разоряли Патмос; письмо папы Пия II Критскому и Колосскому архиепископу (1461 г.) призывало уберечь монастырь от разграбления; грамоты великих магистров Ордена иоаннитов приравнивали патмосцев к подданным Родоса (1508, 1613 гг.); решение венецианского дожа (1590 г.) освобождало от налогов монастырские корабли, прибывавшие в гавань Венеции; документ, выданный испанским королём Филиппом III (1609 г.), позволял патмосским монахам собирать пожертвования на территории его владений. Количество турецких документов достигает 1,3 тыс. Старейшие из них принадлежат султанам Мехмеду II (1454, 1465 гг.), Баязиду II (1496, 1503, 1507 гг.) и его сыновьям Алемшаху и Куркуту, а также Сулейману Великолепному (1521/1522 г.). Эти фирманы отражают политику благоприятствования монастырю Иоанна Богослова, в том числе облегчение налогообложения, защиту от грабежей, льготы при закупке продовольствия, разрешение ежегодной закупки пшеницы у султанского двора. Из 36 документов из Валахии 30 написаны на румынском языке, четыре – на славянском, два – на греческом. Они относятся к 1584–1820 гг. и касаются, главным образом, оказываемой монастырю Иоанна Богослова материальной помощи и дарений. Русские документы датируются 1656–1705, 1772–1775, 1803–1805 гг. Из них шесть документов касается сбора пожертвований в России монахами монастыря Иоанна Богослова и его подворья на Милосе, шесть – пребывания русского флота на Патмосе, три – торговой деятельности патмосцев в Крыму. Наиболее ранние документы принадлежат царям Алексею Михайловичу (1656 г.), Фёдору Алексеевичу (1676 г.) и Петру I (1705 г.). Огромная часть архива патмосской общины оказалась в библиотеке монастыря Иоанна Богослова – 14 тыс. документов XVI–XIX вв. и ещё 200 налоговых реестров и ведомостей. В музее-ризнице хранятся иконы, некоторые лицевые рукописи и наиболее ценные документы, церковная утварь, облачения, монеты, медали и др.