Например, в монастыре Живоносного Источника – «Христос во гробе» (1480–1500 гг.) Николая Дзафуриса, «Три святителя» Иеремии Паллады (первая половина XVII в.), «Преподобный Христодул» (1610–1629 гг.); в монастыре Благовещения Пресвятой Богородицы – «Распятие» (первая половина XV в.), «Введение и Сретение» Михаила Дамаскина (около 1582 – 1592/1593 гг.); в церкви великомученицы Екатерины в Хоре – «Апостол Иоанн Богослов и Прохор» (середина XVI в.); в церкви Сретения в Хоре – «Положение во гроб» (1620–1645 гг.); в церкви Пресвятой Богородицы Елеимонитрии – «Богородица на престоле» (1590 г.) и «Великомученик Евстафий Плакида, с житием» (1620–1640 гг.). В монастыре Иоанна Богослова хранится более 600 церковных облачений (в том числе золотное и серебряное шитьё) и более 300 предметов церковной утвари, главным образом, XVII–XVIII вв. Древнейшие облачения и утварь не сохранились (например, упоминаемые в каталоге 1200 г. семь покровов на престол, из которых пять называются древними и одно – патриаршим даром). Древнейшие предметы золотного шитья относятся ко второй половине XIV в. (эпигонатий с композицией «Спас Недрёманное Око» и так называемая епитрахиль с изображением Великого Деисуса; так называемая епитрахиль иерархов) и к XV в.: две плащаницы (в том числе плащаница 1460 г. – дар Мирликийского митрополита Матфея, раньше игумена монастыря Иоанна Богослова); омофор с образом Христа Вседержителя на иердани, украшенный крестообразными медальонами с композициями «Крещение» и символами евангелистов, «Распятие» с ангелами и серафимами, «Сошествие во ад» с Иовом, Иезекиилем, Софонией, Моисеем, «Благовещение» с Давидом, Исаией, Гедеоном и Соломоном; четыре епитрахили (в том числе епитрахиль иеромонаха Каллиста со сценами двунадесятых праздников, которые перемежаются изображениями святителей, и так называемая епитрахиль апостолов, по мнению исследователей, относящаяся к более раннему времени). Предание связывает одну из хранящихся в монастыре Иоанна Богослова митр с именем императора Алексея I Комнина (вишнёвый бархат, золотное шитьё, жемчуг; украшена изображениями сцен «Вход Господень в Иерусалим», «Воскрешение праведного Лазаря», «Распятие», «Уверение апостола Фомы» и «Сошествие во ад»). Древнейшие изделия из серебра, имеющие точную дату, – две серебряные с позолотой рипиды, изготовленные в 1468 г. в городе Сибиу в Трансильвании. Они были подарены молдавским господарем Стефаном Великим Зографскому монастырю. Когда и как они оказались в монастыре Иоанна Богослова, исследователям неизвестно.