Кроме того, в нём размещены археологические находки и мраморные фрагменты строений, находившихся на месте монастыря Иоанна Богослова, – храма Артемиды и раннехристианской базилики: голова статуи Диониса из паросского мрамора (классическая эпоха), фронтон алтаря храма Зевса в Милете (V в. до н.э.), мраморная плита с надписью об избавлении Ореста от безумия, охватившего его после убийства Клитемнестры, в храме Артемиды на Патмосе (III–II вв. до н.э.), плита с надписью об освящении церкви во имя апостола Иоанна Богослова епископом Епифимитом (первая половина III в.), фрагмент раннехристианской мраморной рельефной иконы Божьей Матери Дексиократусы, столп с надписью для обозначения границы монастырских владений (XI в.), мраморный столп с надписью, упоминающей иерея Василия с чадами (1091 г.), и др. Особую роль в собирании реликвий и в устройстве музея-ризницы сыграли кафигумены Иеремия (Вастас) и Феодорит (Бурнис), а также кафигумен Исидор (Крикрис; впоследствии митрополит Тралльский), подаривший из личной коллекции предметы большой ценности (триптих из слоновой кости V в. и наперсный крест VI в.). В музее-ризнице хранится несколько икон византийского периода: мозаичный образ Николая Чудотворца (XI в.; 21,7×18,6 см) с современной мозаике серебряными басмами (кроме нижней пластины) с изображениями Этимасии и великомучеников Феодора, Георгия, Прокопия и Димитрия, принадлежавший, по преданию, преподобному Христодулу; иконы великомученика Феодора Тирона (около 1200 г.); апостола, обычно идентифицируемого с Иаковом, братом Господним (около 1260 – 1270 гг.); Николая Чудотворца (первая половина XV в.); Николая Чудотворца, со сценами жития (середина XV в.); «Успение Пресвятой Богородицы» (первая половина XV в.). Среди поствизантийских икон преобладают произведения критской школы. Кисти критского иконописца Ангелоса Акотантоса принадлежат круглая икона «Целование апостолов Петра и Павла» и образ «Богоматерь с Младенцем и великомученицей Екатериной». Иконы «Христос Вседержитель» и Божья Матерь «Пантанасса» Андреаса Рицоса (вторая половина XV в.) предназначались для иконостаса кафоликона. Его сыну Николаю Рицосу приписывают роспись двухстворчатых панагиариев, на одном из которых изображены «Богоматерь с Младенцем на престоле, с предстоящими ангелами» и «Гостеприимство Авраама», а на другом – «Божья Матерь Влахернитисса» и «Христос Великий Архиерей» (конец XV в.). Художнику круга Андреаса Рицоса принадлежит образ апостола Иоанна Богослова (около 1500 г.). К концу XV в. относится икона «Воскрешение праведного Лазаря и Вход Господень в Иерусалим», ко времени около 1500 г. – «Чудо архангела Михаила в Хонех». Икона «Спас Страстной» (1560–1570 гг.), согласно исследованиям С. Балтоянниса, является ранней работой критского художника Доменикоса Теотокопулоса, известного как Эль Греко.