Полемика с тритеизмом со стороны православных появляется вновь в VII в. во время полемики вокруг моноэнергизма. Имеется упоминание ереси тритеизма и лично Иоанна Филопона как еретика у Софрония Иерусалимского в соборном послании патриарху Сергию 634 г.: «Да будет под анафемой... Иоанн грамматик, по прозвищу трудолюбивый (Филопон), или лучше, попусту трудящийся, Конон и Евгений – три трепроклятые распространители троебожия». Эти слова, произнесённые на шестом Вселенском соборе, стали первым соборным (если говорить о халкидонитах) осуждением тритеизма. К этому исследователи прибавляют и тот факт, что самый обширный отрывок из сочинений Иоанна Филопона (седьмая глава «Арбитра», впоследствии попавшая в «Источник знания» Иоанна Дамаскина) был включён в антимонофелитский и антимонофизитский флорилегий «Doctrina Patrum» («Учение отцов о воплощении Бога Слова»), авторство которого, по одной из версий, принадлежит Анастасию Синаиту, а по другой – апокрисиарию Анастасию, ученику преподобного Максима. В заглавии этого отрывка Иоанн Филопон именуется тритеитом. Упоминание тритеизма в контексте полемики с моноэнергизмом и монофелитством исследователи считают вполне оправданным. Дело не только в том, что Иоанн Филопон был моноэнергистом в христологии, как все монофизиты, но и в том, что моноэнергизм, распространившийся в среде халкидонитов, против которого и выступали Софроний и Максим, приводил к тому, что каждая Ипостась Святой Троицы имеет свою ипостасную энергию (коль скоро энергия приписывалась ипостаси, а не сущности) или волю. Следовательно, халкидониты-моноэнергисты оказывались тритеитами, поэтому осуждение тритеизма в это время вписывалось в контекст полемики против моноэнергизма среди православных, т.е. того самого учения, которое подразумевало бы не высказанное никем из халкидонитов-монофелитов прямо учение об исключительно «моральном единстве» Лиц в Троице. Оригинальное учение Иоанна Филопона о воскресении мёртвых произвело разделение в стане тритеитов. Из них одна группа стала называться филопоновцами (или афанасианами – по имени тритеита Афанасия, внука императрицы Феодоры, соратника Иоанна Филопона), а другая пошла за тритеитом епископом Кононом (так называемые конониты). Об особенностях учения Иоанна Филопона исследователи судят по ряду фрагментов, оставшихся от сочинений его противников кононитов, опубликованных Ван Руем. Согласно пониманию сути спора современником Иоанна Филопона пресвитером Тимофеем Константинопольским, Иоанн Филопон в отличие от кононитов считал, что в воскресении изменится не только форма (эйдос) тела, но и сама материя, из которой тело будет состоять, станет иной.