Влияние ПМО было распространено не только на Сибирь и Дальний Восток, но и на Кавказский край (1878 г.), в его попечение была отдана Японская духовная миссия (1875 г.). Общество содействовало братству Гурия Казанского в открытии миссионерского приюта в Казани и Переводческой комиссии. В 1874 г. Иннокентий основал периодический орган ПМО – журнал «Миссионер». Московский в честь Покрова Пресвятой Богородицы монастырь при Иннокентии стал центром подготовки миссионеров. При монастыре он создал переводческий и издательский отделы, миссионерский архив и библиотеку, а также первый в России Миссионерский институт (1870 г.). С 1873 г. по инициативе Иннокентия ежегодно в Неделю Православия во всех храмах империи проводились проповеди о миссионерском деле. По его ходатайству были введены дополнительные надбавки к годовому жалованью миссионеров за каждые пять лет службы. В 1877 г. Иннокентий положил начало строительству миссионерской Боголюбской часовни в Москве (открылась в 1880 г.). По его предложению были сняты некоторые существовавшие ранее законодательные ограничения при крещении язычников (в 1880 г.). Будучи Московским митрополитом, Иннокентий не оставлял своим вниманием и бывшую паству. В 1870 г. благодаря его ходатайству были учреждены самостоятельные епархии: Якутская и Вилюйская – её первым епископом стал Дионисий (Хитров) – и Алеутская и Аляскинская – кафедру занял епископ Иоанн (Митропольский). Иннокентий занимался определением штата Алеутской епархии, избранием лиц для служения в Америке. Содействовал созданию в Москве часовни Русского монастыря великомученика Пантелеимона, который открылся 11 февраля 1873 г. Сотрудничал с Московским славянским комитетом в деле помощи православным народам Османской империи, опекал студентов-славян в Московской духовной академии, содействовал созданию в 1873 г. Сербского подворья в Москве, устроению приюта для девочек-славянок при московском монастыре во имя преподобного Алексия, человека Божия. Во время Русско-турецкой войны 23 апреля 1877 г. в Успенском соборе Московского Кремля Иннокентий благословил отправляющегося в действующую армию Александра II на победу над врагом. В дальнейшем служил молебны по случаю успехов русских войск, организовывал пожертвования московского духовенства на нужды армии. По инициативе Иннокентия было создано Николаевское попечительство для пособия нуждающимся семействам воинов при братстве равноапостольной Марии Магдалины, а при Угрешском монастыре устроена лечебница для раненых воинов. В конце жизни Иннокентий хлопотал о назначении первого епископа в Японию, им стал Николай (Касаткин) в 1880 г. Иннокентий был награждён орденами св. Анны третьей (1835 г.) и второй (1840 г.) степени, св. Александра Невского (1856 г.) и алмазными знаками к нему (1862 г.), св. Владимира первой степени (1867 г.), св. Андрея Первозванного (1872 г.).