Иннокентий прилагал усилия по созданию эмеритальной кассы для духовенства. Его забота о духовенстве выражалась и в помощи при покупке домов для причта, в приобретении и сдаче в аренду церковных земель, в хлопотах о назначении пенсий и пособий заштатным священно- и церковнослужителям. Он часто ездил по монастырям епархии, любимым местом его посещений стала Троице-Сергиева лавра. Иннокентий заботился о её монахах, устраивал бесплатные столовые и гостиницы для приходящих бедных богомольцев, безуспешно пытался добиться освобождения принадлежащих ей торговых заведений от налогов. Он обратил внимание на ошибки в некоторых изданиях Синодальной типографии. По его инициативе в 1869 г. был учреждён возглавляемый им Комитет для пересмотра славянского текста Евангелия, Апостола, Следованной Псалтири, Требника и Часослова. Материалы работы комитета передавались в Синод. Иннокентий много сделал для московской паствы как просветитель. При его поддержке в 1869 г. была основана первая газета московского духовенства «Московские епархиальные ведомости». Иннокентий наладил периодические выпуски изданий Общества любителей духовного просвещения – «Чтений в Обществе любителей духовного просвещения» и «Воскресных бесед». При нём библиотека Общества впервые стала публичной, были открыты собственная типография Общества и типографская школа, работали народные читальни, созданы два новых отдела Общества: по распространению духовно-нравственных книг и иконоведению. Иннокентий организовал издание в Троице-Сергиевой лавре «Троицких листков» для народа, которые начали выходить в 1879 г. Назначение Иннокентия на Московскую кафедру создало благоприятные условия для дальнейшего развития миссионерского дела в России. Ещё 10 мая 1848 г. в письме Н.Н. Норову он высказал идею создания Миссионерского общества в России, подобного Миссионерскому обществу в Англии, для распространения и утверждения христианства на территории проживания подвластных народов. В 1869 г. вместо малоуспешного Миссионерского общества (в Санкт-Петербурге) Иннокентий основал Православное миссионерское общество (ПМО; открыто 25 января 1870 г.) с центром в Москве и стал его председателем. Привлёк к сотрудничеству представителей деловых кругов, московского учёного духовенства и светской интеллигенции. Под руководством Иннокентия была создана разветвлённая сеть местных комитетов ПМО, охватившая к концу его жизни больше половины епархий в России. Под контролем Иннокентия оказывалась помощь как духовным миссиям (Алтайской, Иркутской, Забайкальской), так и действующим миссионерам (Марфы Игнатьевны Кабановой, Николаю Петровичу Григоровскому, Ивану Яковлевичу Яковлеву и др.).