Первым собственным учебным заведением иезуитов в 1546 г. стала коллегия в Гандии (Испания), чей статус в следующем году папа Павел III возвысил до университета. В 1548 г. по приглашению испанского вице-короля Неаполя иезуиты открыли в Мессине коллегию (впоследствии также университет), учебный план которой послужил основой для преподавания в других коллегиях. В 1551 г. с одобрения папы Юлия III была учреждена коллегия в Риме (впоследствии преобразованная в Григорианский университет). Папа передал под управление иезуитов основанную в 1552 г. Германскую коллегию, где готовили священников для служения в странах с распространявшимся протестантизмом. К концу 1550 гг. ордену принадлежало 45 коллегий, к 1579 г. – 144, а к 1626 г. число иезуитских коллегий достигло 444, к этому времени в ведение иезуитов было передано 56 духовных семинарий. С 1571 г. иезуиты преподавали в крупнейших европейских городах. Создавая свою собственную систему образовательных учреждений, иезуиты также стремились проникнуть в уже существовавшие известные университеты и по возможности подчинить их своему влиянию. Центрами иезуитского влияния стали университеты в Кёльне и Ингольштадте, коллегии в Вене, в Чехии, в Венгрии, во Фландрии. Принципы, правила организации и методы, положенные в основу иезуитской системы образования (Ratio atque institutio studiorum societatis Jesu), были разработаны под наблюдением генерала ордена Клаудио Аквавивы (1581–1615 гг.). В учебной программе, составленной в 1586 г., основное внимание уделялось богословию и гуманитарным дисциплинам; преподавание также включало математику и физику. В переработанном виде программа была принята в 1599 г. и с небольшими изменениями действует до настоящего времени. К концу XVI в. иезуиты стали играть ведущую роль в системе образования в католических странах. В отличие от доминиканцев, в основном, занимавшихся обучением католического клира, иезуиты стремились создать систему католического образования для мирян, доступную для выходцев из разных слоёв, формально бесплатную. При обучении большое внимание уделялось развитию способности отстаивать определённую точку зрения и умению побеждать в соревновании с другими. Старшие ученики участвовали в обучении младших, и на каждом этапе учащийся имел руководителя. В обучении сохранялись некоторые схоластические принципы, большое внимание уделялось философии (главным образом, Аристотеля) и богословию (особенно Фомы Аквинского). Воспитанники иезуитов получали разностороннее образование: наряду с классическими языками и литературой в школах и коллегиях преподавались риторика, математика и физика. Иезуиты стремились использовать достижения современной им науки и культуры. Это привлекало много учеников, которым иезуиты старались в той или иной мере привить свои взгляды.