В 1603 г. запрет на деятельность иезуитов был снят (орден пользовался покровительством королевы Марии Медичи и её окружения); в 1608 г. по просьбе короля Генриха IV на шестой генеральной конгрегации была учреждена Французская ассистенция ордена, включавшая в себя четыре провинции (Аквитанскую, Лионскую, Тулузскую и Иль-де-Франс). После гибели короля в 1610 г. обвинения против ордена были возобновлены в связи с тем, что некоторые иезуитские писатели (Хуан де Мариана, Франсиско Суарес) оправдывали в своих трудах тираноубийство, однако иезуиты публично осудили эту теорию. С середины XVII в. иезуиты вели активную полемику с последователями янсенизма. Самым ярким моментом этой полемики стали «Письма к провинциалу» Блеза Паскаля – сатирическое произведение, направленное против этики и практики ордена. Папа Римский и власти Французского королевства выступили тогда на стороне иезуитов. Миссия иезуитов, начатая в Англии в 1580 г. пресвитерами Эдмундом Кампионом и Робертом Персонсом, была прервана в 1581 г. казнью Кампиона (канонизирован католической церковью в 1970 г.). В Ирландии миссия иезуитов началась по поручению Игнатия Лойолы в 1542 г. в Тироне и Донеголе. В 1565 г. открылась школа иезуитов в Килмаллоке (графство Лимерик). Во время гонений на католиков в 1575 г. в Корке был повешен Эдмунд О'Доннелл, первый мученик-иезуит в Европе. Ввиду того что в протестантской Англии публичная деятельность иезуитов была невозможна, орден открыл на континенте коллегии и дома для католических эмигрантов из Англии, Шотландии и Ирландии: Английскую коллегию в Риме (1579 г.), коллегии в Дуэ (Франция, с 1559 г.), Саламанке (Испания, с 1592 г.) и Севилье (с 1619 г.), английский новициат в Льеже (с 1614 г.), дом в Лувене (Лёвене, с 1614 г.) и др. В 1623 г. была учреждена Английская провинция ордена, в 1633 г. в Англии и Уэльсе находилось около 200 иезуитов. Благоприятные для деятельности иезуитов периоды (правление Стюартов) чередовались с гонениями, которые были вызваны обвинениями в заговорах («пороховой заговор» 1605 г.; «поповский заговор» 1678 г.) и сменой власти (гражданская война 1641–1660 гг.; «Славная революция» 1688 г.). Иезуиты постоянно присутствовали на Британских островах как члены других орденов или нелегально. Научная и образовательная работа была важной частью деятельности иезуитов. Они основывали астрономические обсерватории, составляли географические карты неизвестных европейцам земель. Иезуит пресвитер Христофор Клавиус был одним из авторов реформы календаря при папе Римском Григории XIII. Важный вклад в становление современной научной хронологии, а также в развитие комплексного исследования христианской догматики, патристики и церковной истории внёс французский иезуит Дионисий Пето (Петавиус; 1583–1652 гг.).