Иезуиты составили первые словари японского языка (на португальском языке в 1602 г.), изучали китайский, вьетнамский, индейские языки, санскрит. Болландисты, предпринявшие с 1643 г. научное издание «Acta Sanctorum», собрали много ценных средневековых рукописей и способствовали развитию почитания святых. В XVIII в. иезуит пресвитер Руджер Бошкович достиг серьёзных успехов в области астрономии, физики, геодезии и математики. Иезуиты ставили своей целью защиту и расширение влияния Римско-католической церкви. К середине XVII в. они получили ряд уставных послаблений, которые позволяли им идти к этой цели, вступая в конфликты с представителями других конфессий, со светскими властями, а также с членами других католических орденов и конгрегаций, с церковными иерархами и даже с папами Римскими. Конфликты возникали в связи с тем, что иезуиты активно занимались торговлей и предпринимательством, накопили значительные богатства, приобрели огромное влияние в тех странах, где были организованы провинции ордена и действовали иезуитские миссии. Лойоле приписывается принцип познания «numquam nega, raro adfirma, distingue frequenter» («никогда не отрицай, редко утверждай, часто различай»), который отвергает крайние точки зрения, поскольку каждая из них содержит зерно самоотрицания; противоречия можно разрешать путём дистинкций, умножения понятий и анализа отдельных казусов. Такой подход строился на постоянных оговорках (например, предлагавшийся некоторыми иезуитами приём «restrictio mentalis» («мысленной оговорки»), позволявший при желании оправдывать любой поступок). Однако тезис «цель оправдывает средства», доводивший до абсурда ценностное противоречие цели и средств, иезуитскими теоретиками никогда не формулировался. Иезуитами была разработана доктрина пробабилизма, основанная на тезисе, что всякое мнение обладает большей или меньшей вероятностью правдивости, поэтому нужно выбирать более авторитетное, более правдоподобное или более надёжное мнение. На практике это учение позволяло придерживаться наиболее удобных точек зрения. Ряд его положений оспаривался доминиканцами и другими церковными и светскими теоретиками, а во второй половине XVII в. подвергся официальному осуждению Римских пап Александра VII и Иннокентия XI. Идейные противники иезуитов как внутри католической церкви, так и вне её (протестанты, янсенисты и сторонники национальных церквей, деятели Просвещения) сформулировали ставшую популярной в обществе теорию «мирового заговора», обвинив иезуитов в стремлении любыми средствами обеспечить себе власть над миром. Среди антииезуитских работ известно сочинение «Monita secreta (privata) Societatis Jesu» («Тайные наставления Общества Иисуса»), изданное в 1612 или 1614 (?) г. в Кракове как инструкции пятого генерала ордена Клаудио Аквавивы.